雍正五年十月初五日，王公大臣罗列了隆科多的四十一条大罪，雍正表示，当年面听遗诏的大臣只有隆科多一人，所以诛杀他心有不忍，姑且将其免死，在畅春园外空地盖屋三间，将隆科多永远禁锢其中。雍正六年六月初一日，隆科多死于禁所。雍正传旨说，隆科多已经病故，赏银一千两，将其尸骸交给他的弟弟庆福、他的儿子岳兴阿，照平常人一样殡葬。隆科多终被幽禁而死，虽则死因大有疑问，但形式上还是善终的。

隆科多是雍正上台的功臣，尊称他为“舅舅”，一度在朝中红得发紫，为何雍正转眼间就翻脸不认人，将隆科多视为十恶不赦的罪人置他于死地呢?仔细研究一下隆科多所谓的四十一条大罪，就很容易发现这些众多的罪名有刻意拼凑之嫌，罪名形成得很勉强。其中，贪婪之罪共十六条，涉及可以计量的赃款银共49.98万两，金8万两，每项数目除一项38万两外，其余数额均不很大，除此之外的政治性罪名也多是拼凑而成，雍正为什么不惜拼凑罪名也要扳到隆科多呢? 主要有三个原因：

第一，隆科多很可能掌握雍正最机密的隐私。雍正非常重视隆科多私藏玉牒底册一事，这项罪名列为四十一大罪之首。那么，除私藏玉牒是明显触犯了国法应该被治罪之外，其中还隐藏着什么令雍正担心和痛恨的症结呢?此外，隆科多曾经说过，“白帝城受命之日，即是死期已至之时”，这话似乎雍正早就知道，对此，雍正一直怀恨在心头。隆科多说这句话一方面是因为他跟随辅佐雍正这么久，了解雍正的为人。另外一方面，历史上功臣遭屠戮的例子比比皆是，这也让他对自己的前景担忧。如果再联系到康熙死时惟有隆科多发布遗诏这一历史公案，很容易使人做出这样推测：当年隆科多为雍正不正当即位立有大功，而隆科多事后非常担心自己被“杀人灭口”，所以，一方面搜集对雍正不利的致命信息以作为保护伞，另一方面则时刻准备着接受雍正的惩罚，将家产分寄他处，以便给后人留一条生路。

第二，隆科多权大震主，日益成为雍正独裁的绊脚石。雍正刚继位时，一时信得过的重臣太少，于是，在雍正即位时就立下大功，并且头脑灵活的隆科多便成为守丧期不便过多出面的雍正的左右手，许多重大人事方面决策，都有隆科多的影子。作为满吏部尚书，隆科多在用人上有较大的发言权，以致后来围绕着他形成了一个小集团势力，很多人都拥护隆科多，反而将皇帝冷落在一边，这让雍正感觉难以容忍。

第三，隆科多犯了雍正的君臣同好恶之大忌。在雍正当权之后还与皇帝的政敌有着千丝万缕的联系。隆科多及其家人曾经是皇八子集团的核心人物。雍正即位后，与他最大的政敌胤禩的关系越来越势不两立，自然，他就很关注隆科多忠于自己的程度，在意他是否已与胤禩彻底脱离关系。在雍正和隆科多之间，这一点就成为检验此人忠与不忠的一个标尺了。后来，雍正发现隆科多与胤禩关系不明朗，疑心顿生，直到隆科多将相当数量的金银寄藏于胤禩子弘旺家里事发，他才确认隆科多是个首鼠两端的人，于是就更坚定了处置他的决心。