日本放送协会（NHK）报导，日航516班机2日下午4点从新千岁机场起飞，原定傍晚5点40分降落羽田机场，不料却与跑道上的海保厅6人座巡逻机擦撞，导致机尾起火、整架飞机烧成火球，海保厅飞机也完全烧毁。

国土交通省初步调查指出，事故发生前，塔台向日航516班机下达「允许进入跑道」的指令，同时也向海保厅巡逻机发出「行驶到跑道前」的指示。

此外，根据日本航空的声明，从机组人员的对谈内容中听到，班机「听到了塔台的着陆许可，复述后开始执行进场、着陆的动作。」

目前羽田机场C跑道仍维持关闭，2架烧毁飞机也留在原地，日本运输安全委员会将从3日起，针对受损飞机和跑道情形进行调查，以早日理清事故原因。