1958年，在毛主席的批准下，王新亭进入高等军事学院速成系学习。同时，王新亭仍然兼任着济南军区的第二政治委员。

在王新亭看来，这次学习的机会十分难得，在学习完成后，也一定会回到济南军区，继续在自己的位置上，为国家的军队建设出力。

然而，让王新亭想不到的是，在速成系的学习刚刚结束时，便在叶剑英的提名下，担任了军事科学院的副政委……

1958年12月，中国人民解放军军事科学院院党委成立，在院长兼政委、院党委书记叶剑英的建议下，王新亭被任命为党委副书记。

到1959年3月，军事科学院还没有设政治部，只有一个政治委员办公室和一个干部处。此时，在叶剑英的委托下，王新亭根据院党委的决定，开始着手抓院政治部的筹建和学术研究干部的选调工作。

期间，王新亭多次向总政治部请示，希望从部队和机关中抽调一些干部，充实到军事科学院的政治部，以健全军事科学院的政治机关，为军事科学院全面开展政治工作，创造必要的条件。

1961年3月，在叶剑英的提名下，王新亭兼任了军事科学院的政治部主任。

任职期间，为了发挥政治思想工作在科学研究中的保证作用，王新亭根据学术研究干部和科研工作的特点，提出了几项做好政治思想工作的具体要求：

“一、要牢固地树立为科学研究服务的思想。二、在科学研究工作当中必须坚持以马列主义、毛泽东军事思想为指针，完整地、准确地掌握和运用毛泽东的军事思想体系，坚持辩证唯物主义和历史唯物主义的研究方法。三、要坚持群众路线，发扬学术民主，提倡各种不同学术观点的争论。四、各级领导都要关心政治思想工作。”

对此，叶剑英感到非常满意，指示王新亭尽快落实，将军事科学院的政治工作带入正轨。

后来，根据毛主席提出的“一定要搞出我们自己的战斗条令来”的重要指示，叶剑英决定，在总政治部的指导下，由军事科学院政治部承担起编写战斗条令的政治工作部分的任务。

很自然，这一光荣任务又落到了王新亭的头上。很快，由总政治部副主任萧华任组长，王新亭任常务副组长的编写战斗条令政治工作小组成立，具体负责战斗条令的组织编写工作。

经过两个月的辛苦工作，《中国人民解放军合成军队战斗条令概则》和《中国人民解放军步兵战斗条令》正式颁发。后来，又颁发了《中国人民解放军军师战斗条令》和《中国人民解放军团营战斗条令》。

这四部战斗条令的颁发，“为我军革命化、现代化、正规化建设提供了战斗和训练的依据，也为继续开展编写其他条令、条例创造了经验。”

1963年，组织提名王新亭担任中国人民解放军总参谋部副总参谋长。

得知自己被提名为总参副总长，王新亭感到非常意外。想到总参是领导全军工作的核心机构，总参谋长和副总参谋长历来都是由能打仗的军事将领担任，王新亭总觉得自己在这方面的能力有所欠缺。

在和叶剑英谈话的时候，王新亭对叶剑英元帅说：“我感觉自己胜任不了，希望组织重新考虑一下这次对我的任命。”

听了王新亭的话，叶剑英说：“既然决定了，就服从组织需要嘛。你就不要再推辞了！”

事实上，王新亭之所以被提名担任副总参谋长，是因为他在军事科学院的政治工作，做得有条不紊，大家有目共睹。对此，叶剑英看在眼里，感到非常满意。

虽然，叶剑英也不愿意这样一个得力的助手离开军事科学院。但是，为了国家的需要，叶剑英还是决定服从组织的需要，忍痛割爱。

9月，在毛主席的批准下，王新亭的任职命令正式下达，担任了中国人民解放军总参谋部副总参谋长。

对于王新亭，毛主席也是非常满意的。还当面夸过他让贤的事情呢！那时候，从刘伯承的口中，得知王新亭主动让出自己的中央委员候选资格给地方的同志后，毛主席伸出大拇指，说：

“王新亭风格很高、顾全大局，应该表扬。”

1955年4月，刚刚从朝鲜战场上归来的杨得志，奉命到南京军事学院战役系参加学习，并兼任了战役系的系主任。

同月，毛主席批准成立济南军区，任命杨得志为司令员。然而，刚刚进入南京军事学院学习的杨得志实在无法分身，军委决定从其他地方调一个军事和政治水平都过硬的将军，到济南军区代替杨得志主持军区的日常工作。

在毛主席的批准下，王新亭由西南军区调到济南军区，担任了军区代理司令员兼第二政委，主持军区的日常工作。

6月底，王新亭到济南任职。来到济南军区后，王新亭首先对军区的情况作了调研，他认为：

“山东半岛地处沿海，突出于黄海、渤海之间，与辽东半岛遥遥相对，且二者是共同扼守渤海的咽喉，是保卫津京的门户，战略地位重要。因此，加强山东半岛的海岸防御和徐（州）海（州）地区的纵深抗击能力，成为了济南军区的一项重要任务。”

在这个基础上，王新亭率领军区勘察团对山东半岛海岸线和纵深一些地形，进行了勘察。随后，王新亭指示有关部门拟定了《济南军区战役掩护计划》，及时上报了中央军委，获得了中央军委的批准。

1956年8月， 王新亭主持召开了济南军区第一次海防战备工作会议。会上，王新亭总结了军区部队在沿海战备工作中，取得的成绩和存在的问题，并对存在的问题进行检查和研究，提出了解决，改进这些问题的办法措施。

在主持济南军区的工作期间，按照毛主席和中央军委的指示，王新亭狠抓济南军区的战备工作和海防建设等，使军区的各项工作都进行得有条不紊，成绩十分显著，受到了中央军委和毛主席的好评。

9月，解放军实行军衔制，王新亭被授予上将军衔。

1957年，杨得志回到济南军区。此时，王新亭正式开始和杨得志共事。期间，王新亭的工作，得到了杨得志的大力支持。对此，王新亭后来回忆说：

“我在济南军区工作期间和军区领导同志都相处得很好。对山东省的党政机关和领导也比较尊重，他们对我工作也给予很大的支持。”

1958年，在去南方视察的途中，毛主席的专列在济南短暂停留。得知新消息后，王新亭和山东省委第一书记谭启龙来到济南火车站，和毛主席见面。

谈完工作后，已经到了晚饭时间，王新亭和谭启龙等人便陪毛主席一起吃了晚饭。晚饭的整个过程中，气氛十分融洽，大家围在毛主席的周围相谈甚欢，不时传来一阵阵笑声。

席间，毛主席看着周围的同志们，卖了一个关子，笑着说：“你们知道你们的王司令，有一个‘八大’让贤的故事吗？”

毛主席说完后，看着大家。在座的许多人都摇着头，表示不知道。王新亭显得十分淡定，在他看来，这样的事情是应该的，没有什么可炫耀的。要是再遇到这样的事情，他也会做出同样的选择。

谭启龙虽然知道，但也没有说，静静地等待着毛主席开口。看到大家都说不知道，毛主席接着说：

“前年，我们党召开‘八大’，军队代表团提名和第一次预选，新亭同志也是中央委员候选人，这时政治局从全局考虑，提出军队让出两个名额，让给地方多选两名老同志。新亭第一个提出去掉他的名字，让给地方同志当选。听伯承同志告诉我这个情况，我很高兴，我说，新亭同志风格很高，顾全大局，应该表扬，这是在党的会议上主动让贤的！”

毛主席所说的“八大”，指的是1956年9月15日在北京政协礼堂召开的中国共产党第八次全国代表大会。出席这次大会的有正式代表1026人，候补代表107人。

在这次大会上，更有59个国家的共产党、工人党、劳动党和人民革命党的代表团以及国内各民主党派和无党派民主人士的代表，应邀列席了这次大会。这是中国共产党历史上十分罕见的。

这一年，中国共产党在七大以后，经过10年多一点的时间，在全国大部分地区基本上完成了生产资料私有制的社会主义改造，建立了一个崭新的社会主义制度。此外，新中国第一个五年计划的多项重要指标，也已经有了提前完成的把握。对此，毛主席非常高兴。

在这个大背景下，中共中央决定召开中国共产党第八次全国代表大会，探索建设中国的社会主义道路，制定在新形势下党的路线、方针和政策。

为了这次大会的召开，毛主席做了许多准备工作。4月25日，毛主席经过精心准备，在中央政治局扩大会议上，作了《论十大关系》的重要讲话。

在讲话里，毛主席提出了许多重要的思想原则。在思想和理论上，为召开党的第八次全国代表大会做了许多重要的准备工作。

8月底，在毛主席的主持下，又在北京召开了“八大”预备会议。会上，毛主席指出：

“八大召开的目的和宗旨，是总结七大以来的经验，团结全党，团结国内外一切可以团结的力量，为建设社会主义中国而奋斗。号召全党要继承优良传统，反对主观主义、宗派主义和官僚主义。”

9月15日，中国共产党第八次全国代表大会，在北京政协礼堂正式召开。

会上，毛主席首先致了《开幕词》。紧接着，刘少奇作了《中国共产党中央委员会向第八次全国代表大会的政治报告》。随后，邓小平作了《关于修改党的章程的报告》，周恩来总理作了《关于发展国民经济第二个五年计划的建议的报告》。作为党和国家的领导人，朱德、陈云、董必武等人，也相继作了重要发言。

随后，大会作出重大战略决策：将党和国家的工作重点，转移到社会主义建设上。这个战略决策，对党的事业发展有着十分重要的意义。

在这次大会上，选举产生了第八届中央委员会，中央委员97人，候补中央委员73人。

按照原来的规定，王新亭也是中央委员的候选人。后来，中央从大局出发，认为有必要给地方的同志增加两个名额。经过考虑，中央决定由军队让出两个名额。

得知中央的决定后，王新亭第一个提出将他的中央委员名额让出来。随后，刘伯承将这件事情告诉了毛主席。刘伯承说完后，毛主席当即对王新亭竖起了大拇指，并说：“王新亭风格很高、顾全大局，应该表扬。”

听了毛主席的讲解后，大家都回头看着王新亭，目光中充满了敬佩：原来，王司令员有这样大的格局呀！

得到大家的钦佩，王新亭没有骄傲自满，在后来的工作中，更加谦虚谨慎，不骄不躁，得到了同志们的赞扬。

在这样的前提下，毛主席批准王新亭担任中国人民解放军总参谋部副总参谋长，也便顺理成章了。

1964年5月，王新亭又担任了中国人民解放军党的监察委员会委员。

1965年9月，经总参谋长罗瑞卿同意，王新亭化名为“李健”，前往山西省闻喜县上郭村，参加农村社会主义教育运动。期间，王新亭与群众同吃、同住、同劳动，得到了群众的普遍好评。年底，王新亭结束了这次运动，奉命返回北京。

1966年3月，王新亭被任命为中共中央军委副秘书长；12月，王新亭又担任了总参的党委副书记。

1967年，有群众组织冲击了徐向前和叶剑英元帅的住地，王新亭知道后，没任何犹豫便挺身而出，把几个头头叫到总参接待站，对他们进行了严厉批评，并说：

“徐向前、叶剑英是我们军队的老帅，他们历来是跟党跟毛主席的，他们在历史上有很大的功劳，你们要采取信任态度……对两位老帅你们不要纠缠了，军事科学院你们不要去了，你们批徐、叶，我不赞成！”

1968年，王新亭开始分管军训部和外事局的工作。

考虑到外事工作十分繁忙，而且是一个政策性很强的工作，王新亭便集中了自己的所有精力，抓军队的外事工作。

为了把分管的工作干好，王新亭总是耐心地做工作，他对一些前来找他办事的领导们说：“从维护我国我军声誉出发，要体谅一些单位的困难，总参能办到的即办，办不了的重大问题请示总理。”

1969年5月，周恩来总理找到王新亭，把处于瘫痪状态的国家体委，交到他的手里，并嘱咐他一定要排除干扰，把体委的事情办好。

接管体委后，王新亭多次找几个司长开会，听取他们的意见。随后，在调查研究的基础上，王新亭报请周恩来总理批准，对体委实行了军管。

在王新亭的努力下，体委的工作得到了好转，组织了国际三项体育友谊比赛，派出国家乒乓球代表团前往日本，参加了第三十一届世界乒乓球锦标赛。

经过两年多的艰苦工作，王新亭将国家体委各项工作带上正轨，完成了周恩来总理交给他的任务，获得了周恩来总理的肯定。后来，在周恩来总理的指示下，王新亭把国家体委的工作，归还到了国务院。

1971年，为了迅速恢复和加强全军的基础建设，王新亭向中央军委提出建议：“派出总部调查组深入部队，调查部队被破坏的状况，恢复我军传统的措施。”

1972年4月，在调查的基础上，根据叶剑英的指示，王新亭和军训部的领导们共同起草了《办好教导队，加速轮训部队基层干部》。

4月19日，在毛主席的批准下，这份文件以军委的名义，下发到全军。根据这份文件的指示精神，全军很快掀起了办教导队、加强军事训练的热潮。

1972年10月，王新亭再次调任军事科学院政委。任职期间，王新亭和军事科学院的领导班子一起，认真学习了毛泽东军事理论，集中力量研究了一些重大课题，以加强未来反侵略战争的准备。

1973年，王新亭正在工作，突然感觉心脏部位一阵疼痛，甚至伴随着一些轻度哮喘。随后，在叶剑英的关怀下，王新亭前往上海和海南岛进行治疗和休养。

后来，由于工作繁重，王新亭的身体越来越差，肺病、心脏病逐渐加重，且骨质疏松、视力更加减退。在这种情况下，王新亭主动给组织上写信，希望退到二线，把工作机会交到年富力强的同志手上。

1975年8月，在中央军委的批准下，王新亭改任了军事科学院顾问。

1976年，周恩来总理、朱德和毛主席相继逝世。对此，王新亭心里感到万分悲痛，整日餐饭不思，为国家的前途和命运担忧。

1978年，国家呈现出一派欣欣向荣的景象，王新亭感到非常高兴。后来，为了充实自己的晚年生活，王新亭不顾年老体弱，每天坚持学习马列和毛主席的著作，还会见了一些地方和军队的人。

12月23日，是王新亭的70岁生日。那天，在他身边工作过的几位秘书和警卫员特意来到家里，向他表示祝贺。

看到这些熟悉的面孔，王新亭感到非常高兴，留大家一起吃饭。席间，王新亭举起酒杯，笑着对大家说：

“谢谢大家来看我。我参加革命这几十年，一天也没有离开过党，在党的领导下，我虽然做了一点工作，那是微不足道的，但是我还有许多缺点，甚至是错误。作为一个共产党员，做了工作，有了成绩，不能记到自己账上；有了缺点，有了错误，不能原谅自己。我愿在我有生之年，继续为党做一些力所能及的事。”

1982年，王新亭当选为中顾委委员。

1984年12月11日，王新亭在北京病逝，享年76岁。

王新亭去世后，新华社对王新亭将军的一生，作出了高度评价：

“王新亭是久经考验的忠诚的共产主义战士、中国人民军队优秀的高级军事指挥员和政治工作领导者 。对党和人民的事业忠心耿耿，兢兢业业，坚持原则，顾全大局，襟怀坦白，光明磊落，以党和人民的利益为重。工作严肃认真，扎实细致。作风正派，严于律己，从不特殊。”