在东北野战军中，万毅在任职上有特殊性，担任纵队司令最多。

从挺进东北曾经东北自治军7纵，到东北民主联军1纵，再到1纵政委，后调任东野5纵司令员、特种兵纵队司令等职，前后当了四支纵队司令员，也担任过纵队政委。他也是唯一一位从纵队司令改为政委，再改为纵队司令的将领。其背后的原因只有一个，就是想留在前线。

抗战结束后，山东军区组建东北挺进纵队，以万毅为司令，周赤萍为政委，率领三千多人挺进东北。这支部队有不少东北籍战士，其中多数来自万毅领导的渤海支队。

前往东北接受，目的就是更容易打开局面，开展工作。毕竟关外的人对我军不熟悉，我军也没有在此建立根据地。部队挺进东北后，迅速扩编队伍，从几千人扩充到8000，转战4个月，扩编到1.4万人，下辖3个旅。

不仅仅是万毅部队这样，最先抵达东北的曾克林部更快，三个月从4千人扩编到七万多人。部队快速扩编部队，成分自然就复杂一些，需要进行整训。从军事上，从思想政治上等等。

7纵参与不少战斗，如抚顺战斗，四平保卫战。当四平保卫战后，总部组建1纵、2纵、6纵纵队，山东军区1师2师与7纵组建1纵，万毅担任司令员。论作战和资历来说，万毅并不占优，他担任1纵司令还是自身影响力方面。

他担任司令员，上级给他配备两位副司令一位是梁兴初兼任1师师长，一位是李作鹏兼任参谋长。在经历三下江南，四保临江作战后，东北的敌我态势发生转变，我军积蓄力量发起作战。上级考虑到接下来大兵团作战中，经验不足，而且在过去作战中虽然可圈可点，但1纵作为王牌纵队，应该发挥更大作用，因此要调他到后方。

他表示不愿意，与上级僵持在那，最终转变一下，改为政委。

担任政委的目的并非要他改做政治工作，就是在不降低职务的情况下，又能在前线指挥打仗，因此改为政委，可以把李天佑调来，也能让万毅留在一线作战部队。

自1纵成立以后，实际上政委一职一直是空缺的，具体工作由副政委周赤萍负责。如今他改为政委，也算是1纵首任政委。

自担任1纵政委后，参与两次大作战，第一次就是夏季攻势中的三战四平，部队打得很激烈，虽然差一点儿就拿下四平，但敌人增援过快而撤离。进行休整后，进行秋季攻势。在冬季攻势后期，四战四平取得胜利，歼敌1.9万余人。

此战也是万毅在1纵指挥的最后一次战役。

当四平战役结束后，上级又组建5纵、11纵、12纵。他被安排担任5纵司令员。

5纵为何在最后才成立呢？这个番号在国际名声上并不好，因为最初源自1936-1939年西班牙内战期间，在西班牙后方活动的间谍、破坏分子的总称。西野、中野、华野都避讳使用5纵的番号，也没有人愿意用。可东北部队众多，如果跳过5纵也不合适，就成立5纵，由万毅担任。

在经历三战四平、四战四平，对大兵团最终由深入了解。如今成立新纵队，根据能力也是可以继续独当一面的，因为最初的想法就是要求在一线干军事，而且担任1纵政委时，也是只干军事，不用管政治工作。如果不离开1纵，政治工作也不做，跟司令员一起干军事，显然已经不合适了。

如今新纵队成立，有合适的位置，放到司令员位置上继续指挥。

他也是唯一一位从纵队政委改为司令员的将领，参加辽沈战役、平津战役。平津战役后，他就被调离，到四野特种兵纵队担任司令员。