1045年春天，有个居士模样的中年人路过藏北索曲卡地方，看见有户财主正在大办丧事，他走进院内请求道:“我是个赶路的人，想讨一点酒解解渴。”房主人神气十足地说:“我昌卡毕琼不是一般的人物，你必须向我磕头，才能得到酒喝。”这个中年人行了跪拜礼，然后坐在一旁的地上喝酒。

这时候,昌卡毕琼滔滔不绝地大谈佛教,居士一点也不客气地进行批驳。昌卡毕琼大吃一惊，没有想到这个寒酸的人学问如此高深，便用疑惑的口吻问道:“先前我听说康区有个叫仲敦巴的居士是个佛学超群的人，是不是先生您呀?”那人说道:“也可能是吧!”昌卡毕琼一听，赶紧从自己座位上抽出栽绒垫子，垫在仲敦巴的屁股底下，同时把一匹套上绸缎笼头的好马，供奉给这位上师，请他无论如何必须宽恕自己的无知和无礼，接着又提出准备在藏北热振建一座寺院,请先生无论如何要来住持。仲敦巴说，我正要到阿里去接阿底峡，目前不能答应你的请求。毕琼说，那以后请你做我的福田吧!

仲敦巴(1004-1064)是拉萨西边堆龙地方人，因为与继母不和，离家出走，到处求师学法。19岁时来到康区投拜色尊大师，他勤勤恳恳服侍色尊将近20年，牧牛、放马、磨面、打柴等劳务从不懈息。在色尊跟前，他全面学习了显密教典，特别精通龙树、无著的著作，在康区一带很有名气。

仲敦巴长途跋涉来到阿里，拜见了阿底峡大师，献上黄金作为见面礼，阿底峡为他摸顶，用梵语祝福、加持、灌顶。从这时开始，仲敦巴除四方筹集黄金一个月以外，一直没有离开过大师的身边。有一次，阿底峡对他说:我将把所有的佛法传给你。仲敦巴说，我既没有经济实力，又是一名近事果，这样的事想都不敢想。阿底峡圆寂后，他受到昌卡毕琼等藏北头人的迎请，在拉萨河的上游建立了一座热振寺，并且以热振寺为祖庭逐渐形成了噶当派。

仲敦巴去世后，他的三位著名弟子博多哇、京俄哇、普穷哇将其教法加以弘扬，并由朗日增巴、夏日哇、甲怯喀哇等更加光大，数百年间信奉噶当派的寺院遍布整个藏区，以至13世纪蒙古将领多达那波到西藏考察后，向阔端报告西藏各教派中以“噶当派寺庙最多”。但是后期最著名的寺院只有前藏的热振寺和后藏的纳塘寺了。

其实，在噶当派出现的同时，已有吐蕃时期形成的宗教势力在活动，这就是宁玛派。宁玛派是莲花生大师传承下来的教派。宁玛，也就是古旧的意思，因为僧人多戴红色僧帽，俗称红教。这个教派以修习密法为主，由家庭父子兄弟秘密传承。正因为这样，即使在朗达玛灭佛时期也没有遭到毁灭性的打击。早期宁玛派缺少系统的理论，几乎没有什么代表性的寺院。有一些被封为“阿巴”的咒师，专门替人诵经念咒、驱邪送鬼、祈雨防雹，与苯教徒简直没什么差别。

11世纪，日喀则以东50公里地方的雅鲁藏布江南岸，出了三个名叫素尔的宁玛派大师。他们是大素尔(素尔钦波)，他的养子小素尔(素尔钦哇)，小素尔的幼子濯浦巴·释迦森格。三位素尔祖孙相传，将过去散落民间的宁玛派典籍整理成系统，制定了修习大圆满的仪轨和规范，修建了一座具有代表性的邬巴垅寺庙。从此形成了在藏传佛教领域颇有影响的宁玛教派。

13 世纪，这个家族与元朝中央建立了联系，释迦维被元世祖忽必烈封为“拔希”(法师)。还有两位宁玛派高僧雍顿·多吉贝和桑结扎，都在元朝宫廷长期传法，获得丰厚的赏赐。宁玛派高僧乞绒·却吉桑布，将大圆满法分成心部、自在部和教授部三个系统。14世纪的隆钦·热绛巴(1308-1364)，是这派承前启后的人物，他撰写了一部《七宝论藏》，详细论述了宁玛派的教义，成为这派僧人必读之书。

在素尔家族努力通过经典传承教法的同时，还有一些宁玛派的僧人非常执着地从岩洞和古庙废墟里寻找和挖掘吐蕃时期的密教经典，这些经典称为“伏藏”，挖掘“伏藏”的僧人称为掘藏师。他们坚信莲花生大师曾将许多写好的密教经典秘密埋藏，并且预言若干年后将重见天日。掘藏师也有派系，以娘·尼玛维色(1124-?)为代表的称上部伏藏，以古乐·却旺(1212-1272)为代表的称下部伏藏。对于伏藏经典的可靠性，有许多人都是怀疑的，后来萨迦班智达在香曲河边的色兴地方发现了莲花生所传的《金刚橛》梵文原本,这种疑虑才消除了很多。伏藏古籍并不都是密教经典，也有历史、医药、艺术著作。

16世纪后期，后藏拉堆降万户的首领扎西道杰被日喀则首领辛厦巴·才旦多吉打败，失去了领地，他带领本派僧众在西藏各处云游，称为“艾旺教团”，最后他在雅鲁藏布江和拉萨河交汇的地方修建多吉扎寺，主要传播“北藏”密法。17世纪中叶，宁玛派僧人居美多吉在雅鲁藏布江中游南岸扎朗地方修建敏珠林寺，弘传“南藏”密法，他们是宁玛派在卫藏地区的根本寺院。这个教派最主要的教法称为“九乘”:声闻、缘觉、菩萨,合称共三乘:作密、行密、瑜伽密，合称外三乘，大瑜伽密、无比瑜伽密、无上瑜伽密，称为内三乘。宁玛派崇信的神佛很多,其中最有代表性的有八种:文殊(身).莲花(语)、真实(意)、甘露(功德)、金刚橛(事业)，称为“出世五部”;还有差遣非人、猛咒咒诅、世间供赞，称为“世间三部”。

11世纪，昆氏家族出了一个很了不起的人物，名叫贡却杰布。他出身于名叫“昆氏”的古老家族，世代居住在后藏仲曲河边。据说从藏王赤松德赞的时候起，他们一直奉行和修习宁玛教法。有一天，他到附近的直仓地方给人家作法事，看见当地许多咒师戴着空行女面具，在大庭广众中旋转蹦跳，表演密宗舞蹈。他把自己的见闻告诉在家修习宁玛派密宗教法的哥哥昆.喜绕催诚。哥哥说，现在到了旧密咒衰微之时，你应该改学新密咒，听说芒嘎地方有位卓弥·释迦益西大译师，学识渊博，你应该投奔他学一些新密法。

贡却杰布前去投奔卓弥译师，跟随他学法多年，掌握了他独传的“道果”法。接着，贡却杰布又师从桂·枯巴拉泽、玛·仁钦乔等大德。有一次他看见了仲曲河边的奔波山，灰白的泥土光泽耀眼，于是认定这是一个吉祥的所在，就在这里修建了萨迦北寺，那是1073年，贡却杰布刚好40岁。萨迦，意为白色的土地，这是寺院的名字。在萨迦派寺庙墙上，常用红、白、蓝三种色土装饰，象征三怙主，因此萨迦派往往被俗称为花教。

贡却杰布圆寂后，他的长子贡噶宁布继任寺主。贡噶宁布学通显密，掌握“道果”法的全套口诀和修法，正是他使萨迦教派真正发展起来，使之形成独树一帜的宗教体系。贡噶宁布被尊称为“萨钦”(伟大的萨迦教主)，名列萨迦五祖第一人。贡噶宁布有4个儿子，次子索朗孜摩，三子扎巴坚赞相继继承法统，被称为二祖、三祖。萨迦四祖是赫赫有名的萨班·贡噶坚赞，他63岁时应成吉思汗孙阔端的邀请，不顾年高体弱毅然北上凉州(武威).达成了西藏归顺蒙古汗国的协议，为实现祖国统一做出了重要的贡献，萨迦五祖是大元帝师八思巴。

萨迦派在显教方面有两个系统，一个是雅珠桑杰所传承的系统，一个是仁达瓦·雄罗洛追传承的系统，他是宗喀巴大师的老师。密教方面有俄尔、贡噶、擦尔三派，主要传承道果教法。

噶举派的祖师是玛尔巴和米拉日巴，关于他们的事迹有许多家喻户晓的故事。米拉日巴是后藏贡塘(现吉隆)地方人，父亲经商致富，不过他过早离开人世，留下米拉日巴和他的母亲受尽了伯父家的欺负。母亲为了出一口恶气，送他到藏绒(仁布)地方学了黑巫术。据说米拉曾经咒杀伯父一家多人，并且放出冰雹砸坏了他们的全部庄稼。后来，他对自己的行为悔恨莫及，专门到洛扎地方投师噶当派祖师玛尔巴门下，修习佛法，涤除恶孽。玛尔巴开始并不给他传法，而是让他服种种惩罚性的苦役，例如命令他在高山上盖房，盖了又拆，拆了又盖。米拉日巴忍受了各种精神和肉体的折磨，终于使玛尔巴认定他能成大器，把自己掌握的全部密法传授给他。

米拉日巴学成后返回家乡贡塘、聂拉木一带，在深山野洞里继续修炼，他以苦行闻名全藏，甚至仅以泉水和野草度日。他最擅长的是“拙火定”，冬天只穿一件布衣就能御寒，因此被人们称为米拉日巴，意为“穿布衣的米拉”。米拉日巴经常吟唱道歌教化民众，歌词有哀叹百姓苦难和揭露人间不平的内容。他男女弟子很多，最著名的有热琼巴和塔布拉杰。热琼巴长期在山南雅隆和隆子一带传教，建立了一些禅洞和静修院。塔布拉杰在塔布(现山南地区加查县)地区建立了岗布寺，在那里授徒传法。他融合噶当派的教法和米拉日巴所传密法，形成了“大手印”为主的体系，称为塔布噶举。

塔布噶举又传出四大支八小支。四大支是以楚布寺(堆隆德庆县)为祖庙的噶玛噶举，以蔡寺和公塘寺为祖庙的蔡巴噶举，以昂仁拔戎寺为祖庙的拔戎噶举，以邓萨梯寺(桑日县)为祖庙的帕竹噶举。帕竹噶举又传出八小支,它们分别是以直贡梯寺(墨竹工卡)为祖庙的直贡噶举,以达隆寺(林周)为祖庙的达隆噶举，以热隆寺(江孜)为祖庙的主巴噶举，以雅桑寺(乃东)为祖庙的雅桑噶举，以绰浦寺(日喀则)为祖庙的绰浦噶举，以修赛寺(曲水)为祖庙的修赛噶举，以叶浦寺(达孜)为祖庙的叶巴噶举等。四大支中的噶玛噶举，八小支中的直贡噶举、达隆噶举、主巴噶举等教派仍然活跃在西藏各地，其余支派在漫漫的历史长河中逐渐消亡了。

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