唐穆宗以后，神策军渐渐腐化，战斗力下降。神策军的腐化孕育于其极盛之时。由于其拥有许多特殊权利，故促成了其自身的腐化。神策军至少在三个方面享有特权： 第一是给养三倍于其他军队，以及经常性的额外赏赐。 从代宗以来，每次大赦都要厚赐神策军。每个新皇帝即位，也要犒赏神策军。如穆宗即位，赐左右神策军士人钱五十缗，六军、威远人三十缗，左右金吾人十五缗。 第二是在其将吏迁转升任方面有优先权。 据载：“开成以来，神策将吏迁官，多不闻奏，直牒中书令复奏施行，迁改殆[dài]无虚日。”他们的这种优先权也得益于护军中尉的偏爱和关照。 第三是法律上享有特权。 唐制，京师各机构、各部门，每季派御史巡按监察。后来由于禁军地位特殊，御史皆不敢去巡查。贞元十九年（803年），监察御史崔远不了解这种变化，进入了右神策军驻地，结果被杖四十，流放外州。这说明皇帝也已承认神策军在法律上的这种特权地位。 这些特权不仅促使神策军日益腐化，唐廷给予神策军特权，目的是让这支军队为维护李家统治发挥更大的作用，却适得其反，促使其走向腐化，丧失战斗力，这是唐廷所始料不及的。 走向末路 唐僖宗时，黄巢起义军入关，僖宗仓皇南逃入蜀，左右神策军或溃败，或为藩镇招谕收容。后宦官田令孜另招神策新军54都，每都千人，以都将分领。唐昭宗景福二年（893年），凤翔节度使李茂贞举兵攻长安，昭宗“悉发五十四军屯兴平，已而兵自溃，茂贞逼京师，昭宗为斩神策中尉西门重遂、李周讠童，乃引去。 ”天复二年（902年），宣武节度使朱全忠进入关中，次年击败李茂贞，逼昭宗杀死大宦官韩全诲等20余人，把参与的神策左右军的兵士并入左右羽林、龙武、神武等六军，“而神策左右军繇此废矣” ，神策军就此解散。
