祺祥政变也称“北京政变”、“辛酉政变”，这是一次在中国近代史中影响极为深远的宫廷政变，它结束了咸丰、肃顺的统治，开始了慈禧太后操纵同治、光绪两朝四十八年的统治。
咸丰九年，英法美三国公使在强大的舰队护送下，以到北京“换约”为名，企图强行从大沽口登陆。英法舰队首先向大沽口开炮，以武力相威胁。清军僧格林沁所部将士不顾皇上“严旨不许接仗”的禁令，发炮还击，击沉英舰四艘，登陆的一千多英军死者近半。英法联军在美舰的掩护下狼狈退走。但他们不甘心失败，于次年六月集结二百余艘舰船和二万五千人的兵力在北塘强行登陆，清军战败。七月七日，英法联军占领天津。咸丰帝与怡亲王载垣、郑亲王端华、协办大学士肃顺（端华之弟）等主张议和，可议和难成，又转而议战。咸丰帝命胜保“歼夷自效”。胜保率军与英军大战于通州，兵败负伤。八月二日，英军占领通州，直逼北京城下。这一年也正是太平军发动强大攻势、一举摧毁清朝政府经营多年的“江南大营”的一年，太平军主力开始东征，连克常州、苏州，清军节节败退。
咸丰帝目睹天下大乱，常常伤心落泪，日夜彷徨，无计可施。他负担不了精神上的沉重压力，不知不觉走向逃遁避匿的道路，整日以醇酒妇人为伴，纵欲自戕，观戏游猎，以忘国耻。一些戚臣投其所好，争相向皇帝献声伎，“四喜班”、“三庆班”、“双奎班”、“春召班”等戏班纷纷进宫演出。
然而，毕竟是兵临城下了，载垣、端华、肃顺等人在欲和不成，欲战又败的形势下，为更有效地控制咸丰帝，于是力赞北狩，怂恿咸丰帝逃亡热河。这正中咸丰帝的下怀，因他逃往热河的计划已经酝酿已久了，于是让大臣们议定。没想到内阁大臣们都不主张咸丰帝逃亡热河、巡幸木兰，反而恳请咸丰帝从圆明园返宫，以安定人心，并反对肃顺等人企图挟天子以令诸侯。
此时，身体虚弱的咸丰帝懒于理事，懿贵妃就代皇上“时时披览各省章奏”。懿贵妃姓叶赫那拉氏，生于道光十五年(1835年)，满洲镶蓝旗人，祖上三代为官，其父惠征曾任安徽宁池太广道。咸丰三年（1852年）五月，那拉氏被选入宫，住储秀宫，赐号兰贵人，受到皇帝宠幸。两年后晋封懿嫔。咸丰六年三月，那拉氏生皇长子载淳，在咸丰帝众多的妃嫔中，只有那拉氏为他生养了唯一的儿子。母以子贵，那拉氏更加青云直上，又晋封懿妃。次年，再进封为懿贵妃，在宫中的地位仅次于皇后钮钴禄氏。当她知道皇上“拟狩北方”，就谏阻“谓洋人必不得入京”，并说：“皇上在京，可以镇摄一切，圣驾若行，宗庙无主，恐为夷人踏毁。”皇弟恭亲王奕䜣以“死于慕陵”劝谏。皇弟惇王、醇王拖住皇上的脚“哭留”，咸丰帝不得已，才装腔作势地说：“近来因军务紧要准备了一些车马，有人竟说朕要巡幸木兰，现将军营备用车马立即返还，以平息议论，安定人心。”其实，咸丰帝早在咸丰十年七月就有幸木兰之意，“已敕备六军，假名亲征，实为行计。”
咸丰十年（1860年）八月四日，代表清廷的载垣与代表英法联军的巴夏礼谈判破裂，战事又起。八月八日，咸丰帝不顾“廷臣伏地力争”，假借“北狩”为名，带着后妃及儿子载淳等落荒出逃圆明园。皇后钮钴禄氏是广西右江道道员穆扬阿之女，这时，她也婉言劝阻，咸丰帝竟以肃顺谓不可”为理由予以拒绝。他们逃到了热河承德避暑山庄，这里山幽林密，是历代清帝狩猎的好去处。载垣、端华、肃顺以及兵部尚书穆荫、吏部左侍郎匡源、礼部右侍郎杜翰、大仆寺少卿焦祐瀛等大臣也随同亡命到这里。临行时，咸丰帝授予恭亲王奕䜣为“钦差便宜行事全权大臣”，与大学士桂良、户部左侍郎文样等“督办和局”。这样就促使因反对逃亡而被留在京师的一大批文臣武将与恭亲王奕䜣结成一个政治集团。他们在与外国人议和的过程中取得了外国势力的某种谅解和支持，从而形成了一支令人生畏的重要力量，为后来的政变打下了坚实的基础。这些都是肃顺等人始料不及的。
皇帝出逃，京城一片惊慌，英法联军近千人扑犯圆明园。九月五日，圆明园被烧，烟焰弥天，一片火海，人类艺术精华化为灰烬。九月十一日，奕沂在北京签订了丧权辱国的《北京条约》。不久，英法联军撤离了北京。
咸丰帝在热河闻听圆明园被毁，悲伤不已。为使咸丰帝“乐不思蜀”，肃顺等人仍照在圆明园时的办法，极力以射猎和娱情声色来诱惑咸丰帝，大有改避暑山庄为圆明园之势。
十二月十日，奕䜣等奏请，经咸丰帝批准，成立了我国近代外交机关——总理各国事务衙门，奕䜣、桂良（奕䜣的岳父）、文祥三人被任命为总理事务大臣。这样，清政府在北京形成了另一个政治中心。这个以奕䜣为首领的总理衙门不仅掌握着清朝的外交大权，而且还掌握着全国各口岸的关税及其他各项收入，也就是说，控制了清朝的财政大权，这就使奕䜣在清廷中的重要地位得到了迅速提高。
咸丰帝体质原本不好，在热河又纵情声色，不久就开始呕血，尽管每日饮鹿血治疗也未能挽回颓势，病情加重。恭亲王得知，奏请赴热河问安。肃顺密奏奕䜣联合外国人，要挟朝廷，恐有图谋，应预防之。惇亲王奕谅也说奕䜣有反意，于是，咸丰帝竟下旨：“相见徒增伤感，不必来觐。”而拒之，这使奕䜣感到十分失望。奕䜣是咸丰帝的异母弟，咸丰帝的生母死时，咸丰才十岁，就由奕䜣的生母代为抚养，他与奕䜣一同读书，共同练武，兄弟关系十分密切。咸丰帝即位以后，封奕䜣为恭亲王，在军机大臣上行走，宠遇有加。咸丰五年（1855年）奕䜣生母重病，奕䜣恳请咸丰帝看在抚养皇上多年的份上，尊他母亲康慈皇太妃为皇太后。咸丰帝只答：“哦，哦。”但并未真正同意。奕䜣到军机处传旨令具册礼，迫使咸丰帝不得不依从，因而感到十分不快。奕䜣母亲死后，咸丰帝减杀康慈太后丧仪，并以奕䜣为母争封、对太后丧仪办理不善为名，乘机解除了奕䜣的全部职务。咸丰帝与奕䜣感情破裂，手足参商，为以后清廷最高统治集团的矛盾斗争埋下了祸根。虽然后来咸丰帝又授命奕沂为内务府大臣，但两人之间的关系越来越疏远了。此时，肃顺及其党羽诬陷吁请皇帝回銮的恭亲王是想借洋人势力造反，这引起了咸丰帝对奕䜣的不满，因此，不让他来热河问安。
由于懿贵妃那拉氏曾极力谏阻咸丰帝西狩，也引起了皇帝的不满，两人感情上出现了裂痕。那拉氏频频干涉朝政，也使肃顺等人的权力受到了挑战。于是，肃顺等人向咸丰帝进献声色，使那拉氏失去了后宫专宠。到达热河以后，肃顺乘机密疏咸丰帝行“钩弋故事”。所谓钩弋故事，就是汉武帝钩弋夫人的故事。钩弋夫人即赵婕妤，因住在钩弋宫而故称。钩弋夫人生子，武帝十分喜爱，欲立为皇太子，但他恐怕太子年幼，其母少壮，女主专恣淫乱。为避免重演西汉吕氏之乱，于是就赐死赵婕妤，而立其子为太子，这就是后来的汉昭帝。肃顺请咸丰行钩弋故事，意思就是让咸丰帝仿照汉武帝处置钩弋夫人的办法，铲除懿贵妃那拉氏而留其子。太监李莲英得知这个消息，便告诉了懿贵妃那拉氏的妹夫醇郡王奕澴。奕澴是咸丰帝的另一个异母弟，他们夫妇俩领着外甥、皇太子载淳，借给咸丰帝请安的时机，说了懿贵妃那拉氏许多好话，并以帝后之情、父子之情打动咸丰帝。咸丰帝受了感动，便濡迟不忍，后来就打消了行“钩弋故事”的念头。可是，肃顺言出祸随，与懿贵妃那拉氏结怨甚深，种下了他日后的杀身之祸。咸丰帝虽未用肃顺密议，但对那拉氏借事弄权也十分担心，因此普遍传说咸丰帝死前曾给皇后钮钴禄氏留下遗诏，说如果那拉氏日后不安分守已，可以出示遗诏命廷臣除掉她。不管这是否属实，咸丰帝对那拉氏的戒心是的确存在的。
咸丰十一年（1861年)七月十七日黎明，咸丰帝晕厥后醒来，召御前诸大臣至卧榻前传谕：“立皇长子载淳为皇太子。”又谕：“著派载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛尽心辅弼，赞襄一切政务，特谕。”诸大臣聆听后请皇上用丹毫手书，但咸丰帝手力已弱，不能执笔，便命大臣代笔书遗诏，因此，该遗诏中有“承写”的字样。这为后来说遗诏是假提供了把柄。另外，咸丰帝还将自己随身携带的两枚图章赐给皇后钮钴禄氏和皇太子载淳各一枚，以后发布谕旨均由赞襄政务王大臣草拟后，皇太后、皇上钤用图章发下，皇太后用“御赏”章为印起，皇上用“同道堂”章为印讫，以为符信。咸丰帝的目的在于防止皇权落入大臣和妃嫔的手中，可他并没如愿。当日，咸丰帝驾崩。
咸丰帝驾崩当天，皇后钮钴禄氏被尊为“母后皇太后”，因她居于烟波致爽殿东暖阁，所以称为“东太后”，载淳的生母懿贵妃那拉氏被尊为“圣母皇太后”，因她居于烟波致爽殿西暖阁，所以称为“西太后”，合称“两宫皇太后”。皇太子载淳即位为皇上，但他只有六岁，童稚无知，无法行使皇帝的权力，西太后就以嗣皇帝生母的身份，把应归载淳掌管的“同道堂”印章抢到，控制在自己手里，代子钤印，以便争取干预朝政。二十七岁的西太后机诈有术，诬称肃顺等心怀叵测，图谋不轨。二十五岁的东太后宽厚善良，缺乏主见，西太后便曲意奉承，拉拢东太后一齐垂帘听政，东太后经不起西太后的花言巧语，终于同意了她的主张。当两宫太后召见赞襄政务大臣议诏谕疏章黜陟刑赏等事时，这八位顾命大臣的首领肃顺便说：“谕旨由八大臣拟定，太后只钤印，不得更改内容，章疏则不呈内览”，企图排斥太后涉政。但西太后坚决反对，她意在要权，因此，联合东太后以拒不钤印来对抗。东太后此时对肃顺等人的所作所为也颇不满，在随咸丰帝逃往热河时，由于准备仓促和地方官供应不及，两宫太后常常饿饭，而肃顺自己却有食担，饮食如常。有时，肃顺得到一些酒肉仅供皇上，没有配给后妃们。到达热河之后，地方官呈进猪羊鸡鸭各二十头，肃顺作为总管内务府印钥，权衡之后全供御膳，没按定例供给后宫，以致后妃们半月之久没有肉吃，像东太后这些娇生惯养的后妃们哪能不迁怒于肃顺呢?再者，载垣、端华、肃顺三人得到皇上宠幸之后，皆便服便冠，出入无禁，甚至直趋皇帝的寝宫，有时竟令后妃们躲避不及，这也引起了后妃们的不满。西太后乘机与东太后联合起来，“俯巨缸而语，计议甚密”，对抗肃顺等辅政大臣。因此，辅政大臣首次发给内阁和地方官员的咨文用的是白片，没有起讫印章，原因就在于两宫太后拒不钤印。后来，辅政大臣只得让步妥协，最后决定：谕旨由辅政大臣拟进，章疏一律送皇太后呈览，阅后钤印，一切应用朱笔处均以印章代之。就这样建立了“垂帘辅政，盍兼有之”这一体制。尽管热河政局还控制在赞襄政务王大臣的手中，但西太后在争取干预朝政的权力中，还是获得了初步的胜利。不过，她并不满足于此，她以肃顺平时抑制宫眷之事挑拨东太后，坚持唯有垂帘听政，才能免为他人鱼肉。
咸丰帝去世的当天，发布了大行皇帝遗诏：“著派睿亲王仁寿、豫亲王义道、恭亲王奕沂、醇郡王奕、大学士周祖培、协办大学士尚书肃顺、尚书全庆、陈孚恩、绵森、侍郎杜翰恭理丧仪。”特别要求：“陈孚恩接奉此旨即星速前来行在。豫亲王义道、恭亲王奕䜣、周祖培、全庆着在京办理一切事宜。无庸前赴行在。”这样，奕䜣不仅被排除在辅政的八位顾命大臣之外，而且还禁止他去热河奔丧，这不能不使奕䜣愤慨万分，也使留守京城的官员们大吃一惊。这是肃顺等为巩固他们的既得利益和地位而采取的重要措施。此外，他们还将朝内重要官缺都补授给支持他们的官员。并于咸丰十一年（1861年）七月二十六日建元年号，用“祺祥”二字，“饬下户、工二部鼓铸钱文”，铸造“祺祥通宝”新币。
但是，在京的奕䜣并未因此而束手待毙，他的亲信——热河领班军机章京曹毓英、内阁侍读许庚身、刑部主事方鼎锐等人将肃顺的一举一动都密报给他。他的五叔绵愉、五兄奕淙、八弟奕诒等人也都从热河来到北京向他通报情况。尤其是七弟奕澴是西太后的妹夫，可自由出人宫禁，最受西太后的信赖，他也把热河的动静“随时寄知”。这样，奕䜣对热河内情了如指掌。奕還人见西太后时，曾向她推荐恭亲王奕䜣，并告诉她，要想夺取宫中大权“非恭王不办”。当时，东太后柔懦无能，西太后又是一个无兵无权的女流，如何才能从八位顾命大臣手中夺回权柄呢，这就得靠恭亲王奕䜣的帮助了。而奕䜣也清楚地认识到，要想推翻肃顺集团，只凭自己的军政实力和洋大人的靠山是不行的，还要借助西太后这个上方宝剑，仰仗小皇帝的上谕才能致敌于死命，这样，双方联手对抗肃顺集团已成定局。于是，奕䜣决定以叩谒大行皇帝梓宫的名义前往热河，以便同两宫太后接头。奕䜣不顾“无庸前赴行在”的上谕，坚决要求“叩谒梓宫”。肃顺等对奕䜣来热河哭灵的要求不便强行阻止，只得予以批准。
八月一日清晨，恭亲王奕䜣抵达热河，正赶上举行殷奠礼，奕䜣“伏地大恸，声彻殿陛，旁人无不下泪，自帝丧后，未闻有如此伤心者”。哭祭后，两宫太后欲召见奕沂，载垣极力阻止，杜翰也倡言于众，说叔嫂应当避嫌疑，且太后居丧，尤其不适宜召见亲王，肃顺拍掌称善。但两宫太后召见奕䜣之意已决，因此，频频让太监传旨出宫。奕䜣为避嫌疑，就请端华一同进见。端华目视肃顺，肃顺笑着说：“老六(奕䜣排行第六），汝与两宫叔嫂耳，何必我辈陪哉。”于是，奕䜣一人单独进见一个多小时。两宫太后先向奕䜣哭诉载垣、端华、肃顺等对她们的侵侮，继而密谋诛除他们。奕䜣认为，热河是肃顺等人的势力范围，在这里，他没办法，但只要朝廷回到北京，他就可以做到任何事情。因此提出，要除掉肃顺等，“非还京不可”。西太后担心外国人会出面干涉，就问奕䜣说：“奈外国何？”奕䜣满有把握地说：“外国无异议，如有难，惟奴才是问。”奕䜣之所以这样肯定，是因为他已得到洋人的保证与支持。英法侵略者认为，只要清朝皇帝不在北京，就不能使已签订的《北京条约》得到有效的实施，因此，他们便极力笼络、扶持奕䜣等一派，而厌恶和反对肃顺集团。英国驻华公使普鲁斯在给英国大臣罗素的信中明确提出，应该对待奕䜣一派采取温和和协调的态度，以促使奕䜣尽快地把皇帝从热河行宫迁回北京。所以，《北京条约》签订二十天后，英法侵略军便撤出北京，到了十一月，大部分又从天津撤退。奕䜣的保证解除了西太后对洋人的疑虑，最终，西太后与奕䜣勾结在一起，作出了回京发动宫廷政变的重要决定。为了麻痹对方，奕䜣见到肃顺等人时显得“卑逊特甚”，以致肃顺等“颇轻蔑之”，认为“不足畏也”。为了不使肃顺等人疑虑，奕䜣在热河只住了一周，便于八月七日匆匆离开。此时他的心情十分紧张，怕肃顺对他行刺，因而在返京的路上“兼程而行，州县备尖宿处，皆不敢轻居”。终于在十二日安全回到北京。
就在奕䜣抵京的前一天，山东道监察御史董元醇上疏，奏请“皇太后权理朝政并另简亲王辅政”，开始为政变做舆论准各正式提出“垂帘听政”，并兼顾恭亲王奕䜣。载垣见后大怒，坚请痛驳，由焦祐瀛亲拟一道措辞严厉的谕旨。西太后阅旨后，不允照发，并召见顾命大臣再议董元醇“垂帘听政”的请求，结果引起双方激烈冲突。肃顺“勃然抗论，以为不可”，杜翰“尤肆挺撞”，叫嚷“若听信人言，臣不能奉命”，载垣甚至扬言：“赞襄幼主，不能听命太后，请太后看折，亦系多余之事！”其他辅政大臣也语多激烈，声震殿陛，“气得太后手颤”，以至于“天子惊怖，至于啼泣，遗溺后衣”。激烈的争辩持续了大约二刻，东太后就说：“留着明日再说，”便不欢而散。肃顺等退朝后又拟一旨，痛斥董元醇的奏折说：“我朝圣圣相承，向无皇太后垂帘听政之理……非臣下所得妄议。”两宫太后扣下不发。次日，肃顺等大臣入内上值，见发下的折件中没有他们拟的旨稿，于是，将一切折件搁下不看，以“搁车”——停止办公的形式抗议两宫太后。端华声称；“不定是谁来看”，对发下来的奏折拒不开视，双方僵持不下。当时，顾命八大臣掌握着推行政务的军机处，一旦“搁车”，所有政务都不能推行，清政府便处于瘫痪状态。西太后本来坚决不肯让步，但看到此情此景，又经东太后反复劝解才转过弯来，不得已，勉强将董元醇折及肃顺等拟旨发下，照抄宣示。顾命八大臣“始照常办事，言笑如初”，“怡(端华）等笑声彻远近”。气得醇郡王奕還大怒，声称“俟进讲话”，经惇亲王奕综喝止才罢休。到了十六日中午，皇太后甚至“晕厥”过去，直到夜晚才“苏转”。可见，双方的政治斗争紧张之极。这场冲突以太后妥协和顾命大臣的胜利而告结束。肃顺等人被暂时的胜利冲昏了头脑，谈笑自若，疏于防范，掉以轻心，又心粗气浮，盲目自信，自以为是顾命大臣，谁能奈我何，从此再不把太后放在眼里。
大学士周祖培、贾桢、赵光等知道太后有垂帘之意，便嘱咐户部郎中李慈铭搜集历代太后临朝史例，编撰成一本《临朝备考录》，准备奏请“垂帘听政”，因见董元醇受责而暂时放下。
握有军权的胜保是最早反对咸丰西狩的，他曾上折痛骂那些怂恿咸丰西狩的人是“误国权奸”。在通州八里桥与英法联军开战以后，胜保战败负伤，退守京师。奕䜣建议咸丰帝派胜保统率守城诸军，咸丰帝便授胜保为钦差大臣，总统各路援兵。胜保受到奕䜣知遇之恩，于是就与他结成死党。后来，胜保又以侍郎身份统带各路勤王之师，收容各路溃军，形成了京畿最雄厚的武装力量。当奕䜣到达热河的次日，胜保也发出了赴热河叩谒梓宫并向皇太后请安上奏的黄折，进行试探。八月七日内阁发出上谕：“胜保著准其前来行在叩谒梓宫……向来臣工无具折请皇太后安之例……且与朕安同列一折，实属有违体制……着交部议处，钦此。”胜保受到申斥，并无畏惧，依然于八月十三日晚抵达热河，大力配合董元醇的活动，并企图进行兵谏。这时，奕斤的死党内阁侍读许庚身乘夜潜人胜保处，就政局问题与他进行了深谈，并为胜保出谋划策：“某以八人者颇畏其虚名，劝其持重，留虎豹在山，且勿惊他。”经过这一夜，性情急躁的胜保变得稳重起来，行动极为谨慎，未露丝毫痕迹，这是因为他“恐伊等欲削其权，随后事更难办也”。为此，他不仅没有请求皇太后诏见，而且也没在热河公开频繁地活动，在叩谒梓宫后不久就悄然返回京师，准备待肃顺等回京时再有所动作。
道光皇帝的顾命大臣、科尔沁郡王僧格林沁掌握着清军最精锐的部队，谁也不敢小觑，此时，他正统兵山东镇压捻军。八月七日，肃顺等主动致函僧格林沁，促使他具折奏请叩谒梓宫，企图拉拢他作为后盾，威慑皇太后。可是，僧格林沁不仅不买账，反而在奏折中故意写上“伏乞皇太后，皇上鉴”等语进行挑衅。肃顺等人见奏折后致函僧格林沁，申斥他说：“内外臣工折报，均系奏闻皇上，不宜书写‘皇太后’字样。”僧格林沁复函据理力争，并声称：“此后奏报，仍不敢不如此缮写，尚望深恩，海量是荷。”鲜明地表示了拥护太后一党。曾国藩也是权倾朝野的重臣，肃顺的党羽王闿运曾亲赴祁门面见他，让他“自请入觐，申明祖制，庶母后不得临朝”。但曾国藩只求明哲保身，“恐蹈权臣干政之嫌”，因而“静听不答，惟指渍茶水，在桌上写字”，直到送客时也未发一言。随从们在他送客时忙去看他在桌上写的是什么，原来是“无数‘妄’字，重复书之而已”。这就清楚地表明了曾国藩对肃顺等人的态度。
在与太后政争取得初步胜利以后，为了显示对失败者的宽宏，九月一日，肃顺等人给两宫太后赋加新徽号：母后皇太后钮钴禄氏为“慈安皇太后”，圣母皇太后那拉氏为“慈禧皇太后”。慈安言语木讷，凡事不愿与人争执，沉默不语；慈禧则野心勃勃，暗藏杀机，伺机而动。肃顺等以为太后受挫后必不敢再多言，一切可宁贴无事，岂不知太后正日夜密谋，悄悄派出亲信太监安德海往来热河与北京之间，与恭亲王串通联络。九月四日，得意忘形的载垣、端华、肃顺等人“自陈职事殷繁，实难兼顾”，要求“恳恩酌量改派”，请予解除他们身上一些繁重的兼差。西太后一见大喜，顺水推舟，立即发布上谕，轻而易举地摘掉了他们的兼差，改由自己的亲信来担任。她知道，这些兼差如銮仪卫、上虞备用处事务、管理理藩院并响导处事务、步军统领、火器健锐营、皇帝禁军及扈从护卫都是自己发动政变时难以逾越的障碍。肃顺等人拱手让出部分兵权，使他们处于十分不利的地位，但他们却浑然不觉，而慈禧对肃顺等“外示优礼，阴实夺其兵权也”。
肃顺等人想拖延咸丰灵柩回京的日子，吏部侍郎黄宗汉也以“京城可虑遍告于人”为由，强烈期望阻止返回京师。但两宫太后执意回京，况且灵柩也不能久置热河，肃顺等人只得同意回京。所定日期为九月二十三日启程。皇太后、皇上、载垣、端华及部分大臣，遵制在大行皇帝灵柩前行奠酒礼，然后先行。肃顺、奕设、陈孚恩、宋晋等护送大行皇帝灵柩在后。这样，顾命八大臣就被巧妙地分割开了，肃顺被甩在后面，由奕设暗中监视他的动向。到达北京以后，小皇帝将在东华门外跪行，迎接咸丰帝的灵柩。
咸丰十一年（1861年）九月二十三日，回京事宜按计划实施。小皇帝和皇太后在热河承德丽正门外恭送咸丰帝灵柩登舆，行奠酒礼，礼毕，先行启跸，由小道兼程返回北京，载垣、端华等七人扈从。此时，太后内心处于十分紧张的状态，因为此行是福是祸全无把握。咸丰帝共有皇后妃嫔共十九人，在先期出发的妃嫔们向皇后辞行时，两宫太后曾哭着说：“若曹幸自脱，我母子未知命在何所？得还京师相见否？”可见当时形势的严峻。肃顺也的确在回京途中布置了杀手，准备兵变，让载垣、端华及侍卫兵在中途刺杀慈禧太后。但慈禧早有准备，她先安排太监安德海先期回到北京，向奕䜣通报消息，奕䜣便按计布置妥当。当咸丰帝灵柩刚出承德，奉慈禧密旨前来护卫的荣禄率四千兵马就来接应了，这使肃顺的谋杀计划不能实施，载垣等“遂不敢动”。慈禧还让醇郡王奕還草诏载垣、端华、肃顺三人罪状，然后让醇郡王的福晋带给慈禧，再由慈禧交由慈安藏在内衣之中，准备到北京以后发布。作为八位顾命大臣的灵魂首脑肃顺，此时却与先行的七位顾命大臣分开，另作一路，因灵车行程缓慢而远远落在车驾后面，他对前面发生的事情一无所知。他独自一人，消息闭塞，孤掌难鸣。而前面的七位顾命大臣因离开了肃顺又变得群龙无首，不能及时商议应付对策。太后因避开了肃顺的监视，又在小道以快班轿夫疾进，抢先肃顺四天先期到达北京，赢得了极为宝贵的时间。
九月二十八日，太后及小皇帝一行抵达北京郊区石槽，恭亲王奕䜣出城迎接，太后密诏奕䜣商议政变事宜。此时，奕䜣的军事部署早已完毕，他主要依靠的是胜保的军队。他知道，不掌握军权，任何政变都很难成功，胜保的军队从京师一直部署到了热河，可以说是万无一失了。这时，胜保还上了一道《奏请皇太后亲理大政并简近支亲王辅政》的奏折，其中对顾命大臣的合法性提出了质疑，认为由他们“承写”的“朱谕”是矫诏窃权，主张由“皇太后亲理万机”，“另简近支亲王佐理庶务”，“以振纲纪而顺人心”。这个奏折对肃顺一伙真是致命的一击。九月二十九日，太后及小皇帝进城，行至朝日坛，诸大臣循列出迎。奕䜣示意一些元老重臣上书吁请太后垂帘。在奕䜣的“风示”下，大学士管理户部事务的周祖培、大学士管理兵部事务的贾桢、刑部尚书赵光、户部尚书沈兆霖等于次日联名上奏，“请皇太后亲操政权以振纲纪”，支持太后垂帘听政，并以示元老重臣反对以肃顺为首的所谓赞襄政务大臣。
偌大的朝廷，为什么都替皇太后、恭亲王张目，难道没有站出来替肃顺等一伙说话的朝臣吗？没有。冰冻三尺，非一日之寒，这个中原因，说来话长。
咸丰八年，“戊午科场案”由肃顺等人兴起大狱。这一年乡试发榜后，镶白旗满洲附学生平龄中举第七名。御史孟传金上疏举发平龄朱墨不符，请复试。咸丰帝闻之大怒，特派载垣、端华等查办，结果涉及考卷五十五份，牵涉主考官军机大臣、内阁大学士柏葰和副主考官户部尚书朱凤标等多人。咸丰帝考虑柏葰资深，老成宿望，有意从宽，免其一死，但肃顺平时又怕又恨这位性格颇为梗直的大臣，因此力主极刑。案终处斩柏葰等五人，朱凤标等七人革职，其余或降职、或流放，总共惩处九十一人，弄得“士人满狱”，成为清代最大科场案。因此案发生在戊午(1858年）年，所以叫“戊午科场案”。有人认为，肃顺用刑过严，柏葰“其咎只在失察，予以褫革已觉情罪相当”，处死“则重矣”。肃顺等人的本意“在修怨以立威，必杀之而后快”，因此被“科甲中人所切齿”，也为柏葰的同列所憎恶。
咸丰九年（1859年），肃顺等人又借“钞票舞弊案”再兴大狱。清政府为镇压太平天国和偿付战争赔款，弄得财政枯竭，于是，管理财政的户部诡施伎俩，大量滥发面额巨大的各种新币，添设“宝钞处”、“官钱总局”分管其事。还设立了俗称为“四乾官号”第一批官银钱号，和俗称为“五宇官号”的由商人设立的钱号。由于新发行的钱无信用，百姓拒收，官府就以法令强行推行，结果闹得官民交累，两败俱伤，怨声载道。当时，肃顺正任户部尚书，他派人检查，发现“五宇官号”的欠款与官钱总局存档不符，因而查出巨额贪污舞弊案，赃款总数达数千万两以上。审案时又突发火灾，咸丰帝大怒，怀疑有人“灭迹”，令严加议处。结果，将司员台斐音等及书吏二十余人交刑部载垣等严讯，抄查家产，连皇弟奕䜣的家人也需接受查抄。此案总计牵连数百人，时间达三年。肃顺的目的，是想通过此案打击主管财政的大学士周祖培和翁心存。这两人后来都因此而革职留任。周祖培和翁心存曾多次主持科举考试，门生故吏遍天下，得罪他一人，实际上就是得罪了一批人。肃顺等人得宠于咸丰皇帝，骄横跋扈，一些与他政见不同的人，如祁离藻、彭蕴章等大臣“亦往往受其侵侮，无不饮恨于心”。现在，肃顺等人囊括了朝政一切大权，春风得意，竟将皇弟奕䜣也排斥在外，这不能不引起在京师的王公大臣所侧目、嫉恨。
此外，肃顺鄙视满族贵族也引起族人的不满，他斥骂：“满人糊涂不通，不能为国家出力，惟知要钱耳。”同时，重用汉族新兴官僚，并说：“国家遇有大疑难事，非重用汉人不可！”他还奏减旗人俸饷，致使所有满人身受其害，“满人深恶之”。肃顺等人排除异己，屡兴大狱，闹得人人自危，加剧了清廷统治集团内部的分裂。清朝政府早已腐败透顶，肃顺等人所作的一切不仅未能祛除积弊，振兴朝廷，扭转清廷腐朽衰败的颓势，反而使不满情绪潜滋暗长，形成一股反对肃顺集团的巨大的政治力量而不可遏制。当这些不满肃顺集团的人一旦获悉肃顺等人积怨于太后，而太后又意在垂帘，便都一齐倡言垂帘听政之说，急欲剔除其中作梗之人，那么，肃顺等人成为政变者刀俎上鱼肉的命运也就指日可待了。
咸丰十一年九月三十日（1861年11月2日），惊心动魄的政变开始了。先由慈安、慈禧两宫太后召见奕䜣、桂良、周祖培、贾桢、文祥等人，向他们哭诉载垣、端华、肃顺等人对她们的“欺藐之状”。周祖培当面奏道：“何不重治其罪？”慈禧回答说：“彼为赞襄王大臣，可径予治罪乎？”周祖培对曰：“皇太后可降旨先令解任，再予拿问。”慈禧答称：“善。”于是，周祖培、贾桢、沈兆霖、赵光等朝廷元老重臣联名上奏《请皇太后亲操政权以振纲纪》。根据这份上奏，清廷颁下一道谕旨：著王、大臣等妥议皇太后亲理大政并另简近支亲王辅政。然后，慈禧把在热河时早就由奕還草诏的“将肃顺等解任”的谕旨拿出来当廷公布。其中主要指责肃顺等人“不能尽心和议”，阻挠咸丰帝回銮，反对太后垂帘，“已无人臣之礼”等等，只是考虑他们是“顾命之臣，故暂宽免，以观后效”。因此，给他们的处分仅是：“载垣、端华、肃顺著即解任，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛著退出军机处。派恭亲王会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道将伊等应得之咎，分别轻重，按律秉公具奏。至皇太后应如何垂帘之仪，著一并会议具奏。特谕。钦次。”从谕旨上看，对他们尚未治罪。
当奕率桂良、周祖培、文祥等入朝侍命之时，载垣、端华已先期到达，可他们并不知道自己已被解任，尚蒙在鼓里，因此一见奕䜣等人进入朝廷便横加拦阻，还大声叫道：“外廷臣子，何得擅人？”奕䜣答道已经有诏。载垣等又以“太后不应召见外臣”为由，高声呵叱阻止奕䜣等入宫办事。奕䜣谦让不受，站在宫门外，不一会儿，太后就命奕沂再颁发“将载垣等革职拿问”的谕旨。其中说：“载垣等肆言不应召见外臣，擅行拦阻，其肆无忌惮，何所底止！前旨仅予解任，实不足以蔽辜，著恭亲王奕䜣、桂良、周祖培、文祥即行传旨：将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士、九卿、翰、詹、科、道严行议罪。”当奕䜣捧诏宣示时，载垣、端华厉声喝问：“我辈未入，诏从何来？”奕䜣下令逮捕载垣、端华二人，二人又厉声呵叱道：“谁敢者！”这时，上来几名卫兵将这二人的冠带剥去，把他们踉踉跄跄地推出隆示门，拥至宗人府幽禁起来。二人的随从也都一哄而散了。
然后，朝廷又颁发了一道“将肃顺即行拿问议罪”的谕旨。其中说：“著派睿亲王仁寿、醇郡王奕還将肃顺即行拿问。酌派妥员押解来京，交宗人府听候议罪。”当此时，肃顺正护送咸丰帝灵柩到达京郊密云县。奉命缉拿的仁寿和奕還率兵于夜间将肃顺的住处团团包围。肃顺此时已关门闭户入寝，缉拿士兵便打破门窗而入，将肃顺在卧室内擒获。被缚的肃顺不服，咆哮斥骂不已，于是又给他带上枷锁押送到北京，也投入宗人府狱中，与载垣、端华关在一起。肃顺看见载垣、端华，气不打一处来，瞋目斥骂他们说：“若早从吾言，何至有今日！”载垣、端华二人叹息道：“事已至此，复何言！”载垣也怪罪端华说：“吾之罪名，皆听汝言成之！”揣度肃顺、载垣、端华的追悔之言，他们应当还有非常之举，以翦除慈禧、奕䜣等，只因种种原由而未能实施。然而，宫廷政变是严酷的，后悔已为时过晚，肃顺等八位顾命大臣只辅政了七十三天就完结了。因这次宫廷政变是在辛酉年，人们便称之为“辛酉政变”，又因政变发生的地点在北京，因此也称“北京政变”。
政变成功以后，十月一日，清廷连发四道上谕，论功行赏。第一道上谕称：“恭亲王奕䜣著授为议政王，在军机处行走。”第二道上谕宣称：“宗人府令著恭亲王奕䜣补授。”第三道上谕宣布：“大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆，均著在军机大臣上行走。鸿卢寺少卿曹毓瑛著在军机大臣上学习行走。”第四道上谕宣示：“户部右侍郎文祥，著仍在军机大臣上行走。”也就是说，凡是拥戴皇太后的，人人加官进爵，飞黄腾达，慈禧、奕沂集团弹冠相庆。
十月五日，诸大臣遵旨讨论议定肃顺的罪名，但久而不决，迟迟没有定论。奕䜣等二十四位王公大臣联衔会奏：载垣、端华、肃顺三人“不分首从，皆凌迟处死”，景寿等五人发往新疆，奏请钦派大臣监视行刑。刑部尚书赵光也认为应照大逆不道治罪，凌迟处死。这才最后议定，于十月六日颁布上谕，载垣、端华、肃顺的主要罪名是：“我皇考弥留之际，但面谕载垣等立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等及造作赞襄名目。”这就正式否定了咸丰帝令八大臣辅政的遗命及顾命制度，肃顺等人成了假传谕旨、欺蒙专擅的罪人。其实，咸丰皇帝的遗命确实存在，可欲加之罪，何患无辞呢？谕旨最后判决：“照该王大臣等所以，均即凌迟处死，实属情真罪重，惟国家本有议亲议贵之条，尚可以从量未减，姑余万无可贷之中，免其肆市，载垣、端华均著加恩赐令自尽，即派肃亲王华丰、刑部尚书绵森迅即前往宗人府传旨，令其自尽。”“至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚，亟应凌迟处死，以申国法而快人心，惟朕心究有所不忍，肃顺著加恩改为斩立决，即派睿亲王仁寿、刑部右侍郎载龄前往监视行刑，以为大逆不道者戒！”此外，八位顾命大臣中另外五人：景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛“均著即行革职”。被牵连致罪的还有：吏部尚书陈孚恩，侍郎刘昆、黄宗汉、成琦，太仆寺少卿德克津太，侯补京堂富绩，太监杜双奎、袁添喜、王喜庆、张保桂、刘二寿等。
这道谕旨宣布后的当天，载垣、端华在宗人府自缢而死。肃顺身穿白色衣服、布靴，被反绑在没有帷幔的牛车上，押赴刑场，“亲属无临送者”。目击者薛福成记述当时情形时说：“肃顺以科场、钞票两案无辜受害者尤多，都中人士闻将杀肃顺，交口称快。其怨家皆驾车载酒驰赴西市观之。”当牛车驶过骡马市大街时，“儿童欢呼曰：‘肃顺亦有今日乎？’或拾瓦砾泥土掷之。顷之，面目遂模糊不可辨云。”临行刑前，肃顺破口大骂慈禧太后，揭露有关慈禧淫秽残忍狠毒的一些事情，“其悖逆之声，皆为人臣子者所不忍闻。”刽子手用刀捣其口，口舌都被割裂，但他仍然口喷鲜血，大骂不止。临刑时，肃顺又不肯跪，“刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣，遂斩之。”肃顺的家产及其在热河所有的财产，也都被查抄没收。
这一天，周祖培还奏请更正原来载垣所拟的“祺祥”年号，认为这两个字意义重复，建议改拟“同治”二字，以表示两宫太后临朝而治。这个建议经两宫太后允准，布告了天下。原来为改元准备的“祺祥”年号，当时并没来得及真正付诸实施，留传后世的仅仅是当时铸有“棋祥通宝”的几枚铜钱而已。因这次宫廷政变是在拟定“祺祥”年号期间发生的，因也称之为“祺祥政变”。
紧接着，慈禧又以清廷的名义连下三道谕旨，对八旗宗室、文武臣工“宽大为心，既往不咎”，借以安抚人心。对查抄肃顺家产时所搜出的内外大小臣工写给肃顺等人的信函，一律拿到军机处焚毁，以收买人心。同时，起用受肃顺等排斥的祁离藻、翁心存等有影响的人物，以示优礼元老重臣。并安抚曾国藩等手握重兵的将领，以坚定他们效忠朝廷的决心。这些措施对稳定政变后的局势起了重要作用。
咸丰十一年(1861年)十月九日，载淳在太和殿举行了登极典礼，颁诏天下。以明年为同治元年，大赦天下，这就是同治帝。十月十五日，两宫太后命将“历代帝王政治及前史垂帘事迹”等“汇为一册，恭呈慈览”。十月二十六日，由礼亲王世铎等近二百名宗室、大臣拟妥的“太后垂帘、议政王辅政的十条章程”，才“千呼万唤始出来”，终于满足了慈禧垂涎已久的欲望。十一月一日(12月2日），经过一阵扭捏作态的谦让以后，两宫皇太后为“顺乎民心”，正式垂帘听政。慈禧不愿“母后”、“圣后”之名，因此，定嗣后诏书奏牍都以慈安、慈禧并称，不再有“母后”、“圣后”之别。十一月十二日，英国驻华公使卜鲁斯兴致勃勃地向英国外相报告：“大家认为，其表现最有可能和外国人维持友好关系的那些政治家掌握政权了。”至此，晚清太后垂帘、亲王辅政的时代开始了，清朝内部的权力之争终于告一段落。
