合资设立公司是指公司发起人或投资人达成设立公司的合意，并就公司设立的具体细节，比如注册资本金、经营范围、出资比例、出资方式、利润分配方式、公司治理机制等进行磋商，为了避免纠纷，而签署的公司设立协议，或公司投资协议，合资设立公司协议等。

而实践中有不少公司，采用通用版本，而这种标准化的公司章程，使得公司投资者或股东就公司一些特殊的、个性化的约定条款根本无法体现在公司章程中。

为此，这就需要公司发起人或股东（或投资人）可通过事先签署投资协议的方式来实现这一目的，在公司成立之后，再通过修改公司章程的方式将个性化的约定纳人公司章程之中。

一般合资协议部分可以体现在后来的公司章程之中，有的却无法纳人公司章程中。在公司设立后运行过程中，发起人因为公司治理或利润分配等发生纠纷时，除了公司章程、股东会决议之外，最初的公司设立协议将有可能成为重要的裁判依据。

公司设立协议与公司章程的目标是一致的，都是为了设立公司。两者在内容上也常有类同或相通之处。但，两者在法律性质和功能上有着巨大的差别。

1、公司章程是公司必备文件，而公司设立协议则是任意性文件。公司章程是我国公司法强制要求的公司必备文件。没有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投资企业要求有合同以及股份有限公司要求有发起人协议外，我国《公司法》并没有要求公司必须具有设立协议。

2、公司设立协议与公司章程的效力范围不同。根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力。也就是说，公司章程的作用范围包括股东、公司以及公司内部组织机构与人员。而公司设立协议仅仅是股东之间的任意性合同，需遵守合同相对性的原则，其作用范围仅限于签约的主体之间。

3、公司设立协议与公司章程的效力期限不同。公司设立协议主要是在公司设立期间发生法律效力，所调整的是公司设立过程中的法律关系与法律行为。

4、如设立协议与公司章程发生冲突时，应以公司章程为准。主要理由有二：公司章程大多是在公司设立协议之后签署的，若二者发生冲突，应以后者为据；其二，公司章程是公开文件，具有公示效力。