在外直隶卫所直隶五军都督府，从管理体制上来说，其不隶属于所在地都司、行都司管辖。卫所属于明代军事系统，地方州县属于明代行政系统，两者处于相互独立的系统。
但卫所是一个是实体，卫所旗军及军余生活在驻守地，卫所屯田散落在周围州县，其在方方面面都与周围社会发生着联系。
在外直隶卫所和地方政府的关系，在不同的历史时期有不同的表现。
尽管两者同属于不同系统，卫所、地方州县的目的都是维护地方的稳定。
卫所、地方州县在面对其共同利益时，他们会合作，相互展现出友好的一面。卫所、地方州县面对属于自身的利益时，他们会产生分离、对立，甚至最为严重时会产生激烈冲突。
从整个明代历史发展来看，卫所、武官的地位是在不断的下降，而地方州县、文官的地位是在不断的增强。
这样应是地方州县在两者的关系中占据主动地位，但在实际的历史环境中，卫所和州县的关系呈现出一个复杂的局面。
卫所虽然作为一个独立的军事单位驻守地方，其人口、屯田相比地方州县差距巨大。所以在外直隶卫所很多事务，例如修卫城、物资供给，都需要地方州县的帮助。
同时，在外直隶卫所和地方州县在很多具有共同利益的地方事务上进行合作，例如缉盗、修建桥梁等。
平定叛贼，守备地方在外直隶卫所驻守地方，稳定地方局势，加强明王朝对京畿地区的控制，以维护明王朝的统治。
地方州县主要事务虽是征收赋税、教化百姓，其平定反贼、维护地方治安也是其分内之事。
因此，在外直隶卫所和地方州县在维护地方稳定这方面，两者具有共同的利益，可谓一荣俱荣，一损俱损。
积极平叛反贼，维护地方安定，卫所官员和地方州县官员都会受到明政府嘉奖。
景泰年间，苏州卫和苏州府官员在擒拿反贼许道师出力甚多，受到明朝廷奖赏，赏直隶苏州卫指挥使谢瑄、指挥金事朱瑄，苏州府知府汪浒各钞六百贯，彩鞋一表里，以擒反贼许道师等公也。
正德元年，巡抚苏松等处都御史艾璞在巡抚苏松地区时，发现当地卫所和地方州县在地方叛乱时防御欠周，请求朝廷给予处罚。
因劾太仓卫都指挥使等官陈翱等四十七人堤备不严，苏州府知府林世远防御欠周，俱宜逮问，又谓世远抚剿多方，劳于干济，似可原宥。
下都察院议，请行抚按官会审，录郎中如原拟覆讯并逮翱等问，上是之而宥世远。
由此可知，积极平定叛、维护地方稳定是明王朝对驻守卫所和地方州县的首要要求，如果反应迟钝或应变不力，其官员就会受到严厉的处罚。
苏州府知府林世远虽开始防御不周，但在其后剿灭叛贼中出力甚多，因而正德皇帝免其处罚。
卫所和州县地方隶属于两个不同的管理系统，两者并无明确的上下级关系，这就导致两者在处理实际问题中会产生矛盾。
地方军民杂居，卫所只能管理旗军及旗军，地方州县只能管理普通百姓。这样军、民分开的基层管理模式，使卫所和州县在缉拿反贼、维护地方治安方面多有不便。
为了解决这一问题，明政府设守备官提督地方，兼管军民，查得先该守备涿州都指挥康锐奏称，先年都指挥石端镇守涿州之时仍提督良乡、房山二县井兴州中屯卫堤防益贼，合无令其照旧提督等。
因本部为照，涿州在城军民参杂居住，房山、良乡并兴州中屯卫与涿州地里相连，系南北往来要路，前项地方比先俱是都指挥石端镇守管理，今康锐所管止是涿鹿三卫凡有捕盗军民相干委的，不便前项地方，合准提督，务裨盗息民安，以副委任，不许干预有司词讼、民事等，因奏抄到部。
卫所与地方州县各自划定防区，明确各防区的责任，及将涿州城内地方分派涿鹿三卫镇守官理，城外乡村分为四界，令州县委官各巡一方，如各官不行用心，严督捕盗以至界内益发劫财，就将分巡委官并州县掌印正官参提问罪，住俸。
编排火甲防贼，地方居民杂居，卫所和州县相互配合，制定出合理的火甲编排和管理方案。
筹备物资和派发劳役卫所皆设屯田，国初兵荒之后，民无定居，耕嫁尽废，粮饷匮乏。初命诸将分屯于龙江等处，后设各卫所创制屯田。卫所屯田供卫所旗军及军余食粮。
卫所所需的军器、物料、运输等并不能完全自给，需要地方州县给予金钱和物资上的支持。
金山卫驻守南直隶松江府，原为沿海防倭而设。金山卫所需军器、物资均需地方州县援助，金山卫所需物资按照卫所三、有司七的比例进行分摊。
定州卫需重修卫城，修城财力、物力均不足，定州卫希望真定府能够进行援助。
驻守京畿襟喉之地的通州四卫所需军器木料是由通州所辖三河等县置办，地方州县不仅在物资上支援卫所，还承担着为卫所运送军器等劳役。
刘云鸿的方法实现了有车之家劳役形式的转化，减轻劳役负担。隆庆卫雇车的银两费用仍旧是州县有车之家承担，这依然是州县和卫所的合作。
卫所、州县积极共同参与地方建设在外直隶卫所和州县作为明王朝在地方所设的军事、政治机构，两者在地方事务的处理中都扮演着重要的角色。
很多地方事务，在外直隶卫所或州县无力独自承担，两者在此时会选择相互合作，共同完成任务。
在外直隶卫所和州县在地方合作的事务种类较多，浚河、修城、修桥、修粮仓。这些地方事务都是关系到在外直隶卫所和州县的共同利益。
卫所和州县共同合作固然是应对地方浩大工程的最优选择，但这不意味着所有卫所、州县共同应对地方事务的请求被允许。
有时，在外直隶卫所请求州县援助，并不顾及州县境况，只考虑卫所自身利益。这种只顾卫所自身利益的请求，明政府会断然拒绝。
居庸关守关指挥芮勋因关路桥梁被雨水冲坏，请发隆庆州及昌平县民丁并力修筑。
由此可见，上卫国家，下安生民。这当然是王朝设立卫所军队的基本目的，是卫所和州县合作的前提。
然而在有关卫所事务，卫所仅仅关注自己的利益，从而损害地方州县的利益。但在卫所和州县具有共同利益的地方性事务上，州县和卫所能够实行良好的合作。
