人们常说“群众的眼睛是雪亮的”。如果按照这个标准，麦克阿瑟应该是美国军中最优秀的将领。
二战之前，西方国家视日本为“非人”，当然这是“目光向下”俯视看得出的结论。个子矮小、罗圈腿是日本人的标签。自1937年全面侵华以来，这个亚洲唯一的工业强国用了四年的时间都没有打败工业基础为零的中国时，更加印证了西方国家的判断。
但太平洋战争爆发的最初几个月，各国开始改变看法，昔日的“非人”变成了“超人”。他们平日只吃很少的食物，却能在恶劣的热带丛林中保持高昂的战斗力。不仅是前线，美国民众通过媒体的报道，也越发相信这一点。
麦克阿瑟成了这种潮流的“受益者”。媒体刻意回避了他在菲律宾的指挥责任，而是把他渲染成“从超人严密的封锁中逃出来的英雄”。
媒体用这种基调报道麦克阿瑟，民众也愿意相信，毕竟美国需要这样的强者站出来挽救危局。一些老兵发起请愿，希望罗斯福将麦克阿瑟召回华盛顿，重新执掌陆军。一项民意调查显示，65%的美国人认为他是民族英雄。
在美国各地，很多地方州通过决议，将一些街道、水坝和建筑物用他的名字命名；一些新生儿的名字也被父母冠以“麦克阿瑟”的字眼。
麦克阿瑟是一位优秀的将领，这一点毫无疑问。可就是因为他和他背后的力量过于美化他，反倒让人产生反感，从而忽略了他身上具备的那些优点。
麦克阿瑟另一个让人反感的地方就是把太多个人荣辱掺杂到公务中。在遭到阻力后，他没有选择服从大局，而是采取各种手段抗争。
1942年3月，当麦克阿瑟刚踏上澳洲土地时，他就致信罗斯福，希望美国能够重视澳大利亚和太平洋地区的防御力量。
麦克阿瑟的观点跟华盛顿的战略规划并不完全一致。
他们之间的共识是重视太平洋地区，也重视澳大利亚的防务。为此罗斯福、丘吉尔，以及澳大利亚总理科廷经过协商，决定将坚守北非的三个澳大利亚师中的两个调回国内。马歇尔也决定向澳大利亚增派了两个步兵师，以加强那里的防御力量。
相比于共识，分歧更具有原则性。1942年3月16日，也就是麦克阿瑟还在逃亡的路上时，美军参谋长联席会议正式作出决定：将现有的船舶集中用于欧洲，以帮助英国尽快在欧洲大陆开辟第二战场。为此，美国向太平洋地区投入的力量仅以防御为主，并不会向澳大利亚和太平洋地区集结发动反攻的兵力。
对于决策层制定的“先欧后亚”的战略原则，太平洋舰队司令尼米兹选择服从（尽管他会很艰难），但麦克阿瑟则表达了强烈不满。
另一件让麦克阿瑟不满的是太平洋地区的指挥权问题。他希望自己能全权负责对日作战，也就是说盟国在太平洋地区的陆海空力量全部由他指挥。
但这一次站出来反对的是美国海军作战部长欧内斯特·金。二战期间，所有主要交战国的陆军和海军都存在不合（最严重的当数日本），这一点美国也没有免俗。金认为，日本是岛国，将来对日作战一定是一场场海上较量，所以海军将会是太平洋战场上的主角。既然如此就应该让一名海军将领出任这一战区的最高指挥官，而不是派一名陆军将领。
陆军和海军争吵了一番，最后双双做出妥协，决定将太平洋划分为两个战区，由麦克阿瑟出任西南太平洋战区司令，作战区域包括澳大利亚、所罗门群岛和菲律宾群岛。尼米兹则出任太平洋战区司令，作战区域则包括偌大的南太平洋、中太平洋和北太平洋地区。
麦克阿瑟不服，他甚至怀疑海军有个密谋集团，专门跟他作对。这个密谋集团先是在菲律宾作战期间剥夺了增援给他的部队，现在他们又在抢走自己的权力。
当参谋长联席会议给他指派了陆海空各兵种司令时，他也认为是总部在架空他。
澳大利亚总理柯廷支持麦克阿瑟。前者正试图摆脱大英帝国的贪婪和控制，所以选择抱美国的大腿。在两个人的首次会面中，双方就建立了信任。临别时麦克阿瑟将手臂搭在柯廷的肩膀上说：“总理，你和我一定能通力合作，把这件工作做好。你照顾后方，我担任前线工作。”
柯廷的嘴上也像抹了蜜一样说：“我早就知道，选您为最高统帅准没错儿。”
在麦克阿瑟抵达澳洲前，澳大利亚国防部就制定了一套防御计划，代号“布里斯班”。这份计划打算放弃澳大利亚北部海岸线，依托澳洲大陆中部的山脉为天然屏障，然后从布里斯班开始，向南一直到阿德莱德，形成一道防线。它将确保澳大利亚东南部1/4的国土安全，但其余的则随便日本人处置吧。
根据这个计划，澳大利亚不仅要放弃新几内亚，还要放弃包括昆士兰州、达尔文港等重要地区，那里的设施也将被夷为平地。也就是说，不等日本人打过来，澳洲就得自己给自己动一次外科手术。
在随后召开的防务会议上，澳大利亚陆军部长亲自向麦克阿瑟介绍了“布里斯班计划”，然后他也承认，这份计划有很多人反对。随后麦克阿瑟走到台前说：“先生们，既然让我发表看法，那我要说的是，澳大利亚的防线应该跨过北面的海峡，到新几内亚去。”
说完他让参谋长打开一张地图，上面已经用蓝色铅笔画好了布里斯班防线。麦克阿瑟让随身参谋继续用蓝色铅笔在布里斯班以北2400多公里外的新几内亚欧文斯坦尼山画了一条线。
麦克阿瑟主张把战场搬到新几内亚去，这样就可以让澳大利亚免受战火之苦。
新几内亚岛上的欧文斯坦尼山横亘在岛中部，山势陡峭，而且原始森林遍布。日军虽然已经占领了欧文斯坦尼山北麓的莱城和萨拉莫阿，但他们要想南下夺取莫尔兹比港，进而攻占新几内亚全境，将会面临极为复杂的地形环境。盟军只要扼守住唯一一条公路，就可以在陆地上挡住日军。
这是一份大胆的防御计划。预设的战场不仅会给日本人制造难题，也给盟军自己创造了诸多困难。新几内亚是一片未开发的处女地，海岸线暗礁密布，岛上到处是沼泽和丛林，欧文斯坦尼山山峰耸立，最高峰威廉山达到4694米。新几内亚还有变幻无常的气候，持续高温、终日暴雨，以及因此带来的热带疾病足以摧毁任何一个身体健康的人。
此外，美、英、澳都没有新几内亚详细的地图、海图，也没有对这座岛屿进行过地形勘测。而眼下盟军要在这里驻扎10万军队，修建几座机场，大批物资将从澳大利亚启运，然后储存在前线。
面对这样巨大的工程，澳洲人最终选择抛弃“布里斯班计划”，采纳麦克阿瑟的意见。事实证明，麦克阿瑟的主张完全正确。
麦克阿瑟的部署完全出乎日军的意料。一名日本海军高级参谋后来回忆说：“1942年春天，我们没有想到麦克阿瑟会进军新几内亚，并在这里保卫澳大利亚，因为他们缺乏必要的兵力。”
日本的预判起初并没有错。太平洋战争爆发之初，澳大利亚本土仅有两万多人的防御力量，大部分澳军被英国抽调到欧洲和北非。1942年5月，澳军第6和第7师启程返回澳大利亚。刚刚在美国完成组训的第32和第41步兵师也启程运往澳洲大陆。柯廷在与麦克阿瑟举行会晤后，也加快国内的动员工作，新一轮的扩军计划将会给前线输送8个师的兵力。
此外，美军参谋长联席会议决定向澳大利亚派出一个军级司令部，由罗伯特·艾奇尔伯格率领划归西南太平洋战区领导。美国海军一支由6艘驱逐舰、2艘补给船和6艘潜艇组成的舰队也抵达澳洲海岸。陆军航空兵向澳大利亚派出了8个轰炸机和战斗机大队，总计装备有535架飞机，这些飞机虽然大多数是老旧机型，但好歹具备一定的规模。
就在盟军的各项工作紧锣密鼓地进行时，日军已经提前动手了。5月初，日本海军第4舰队在一支航空舰队的增援下，搭载两批登陆部队南下，他们的目标是所罗门群岛的图拉吉岛和新几内亚南部的莫尔兹比港。
部署在澳大利亚海岸线上的情报系统提前侦知了日军的行动。在准确判断出日军的目标是莫尔兹比港后，麦克阿瑟命令潜艇部队出动，并要求空军事先派出轰炸机对莱城、拉包尔等地实施轰炸。
5月4日，日本海军和美军太平洋舰队在珊瑚海爆发二战历史上首次航母对决，双方均损失惨重。5月7日，空军派出的侦察机报告，驶向莫尔兹比港的日本海军编队全部调转方向撤走了。
一个月后，美日海军在中太平洋的中途岛再次爆发海战，日军在此战损失了4艘主力航母。至此日军已经没有能力在太平洋上随心所欲了。
所以说，麦克阿瑟及他领导的西南太平洋战区的第一轮危机是海军为其化解的，尽管麦克阿瑟并不愿意过多谈及，但这是事实。
在5月主导进犯莫尔兹比港的是日本海军，6月的主角则换成了日本陆军。
6月12日，日本参谋部发布命令，由第17军司令百武晴吉实施南进战略。在海军第8舰队的协助下，由陆路翻越欧文斯坦尼山，夺取莫尔兹比港和新几内亚南端的米恩港，进而完成进攻澳大利亚的准备。
与上次不同，麦克阿瑟没有对日军新一轮进攻引起足够重视。他认为日军刚刚在海上遭遇惨败，不会在这么短的时间内发动新的攻势。另外他认为日军根本无法翻越欧文斯坦尼山，所以即便收到情报部门发出的警报，他还是对自己的情报处长威洛比说：“日军经由陆上的行动，从后勤保障困难、通信联络不畅和地形复杂的观点看，都是值得怀疑的。”
麦克阿瑟在此期间还反对海军实施“瞭望台计划”，该计划旨在所罗门群岛东部的瓜达尔卡纳尔岛登陆，先止住日军南下的势头，确保美澳海上航线的安全。行动的第二阶段，盟军将以瓜岛为基地北上，向日军发起战略反攻。
麦克阿瑟反对的理由是它过于冒险，可他提出的“直捣日军南太平洋基地拉包尔的计划”更大胆。这不得不让海军产生不满——麦克阿瑟的意见往往不在乎战场因素，而是考虑到个人权力的归属。
战争的魅力在于它随时会给局势带来意外因素。7月，日军开始在巴布亚新几内亚移动的新不列颠岛集结兵力和物资，准备南下。麦克阿瑟也只能放下跟海军的分歧，准备应对日军新的攻势。
7月18日，由掘井富太郎率领的先遣支队动身南下。接到澳大利亚侦察机发出的报告后，麦克阿瑟立即命令空军起飞，对日军的船队和后方基地实施空袭。不过美澳联军的B-17轰炸机航程太短，没能在作战半径范围内搜索到攻击目标。
7月22日，日军首批3000人的登陆部队在布纳登陆，他们击溃那里的少量澳军民兵部队，在几内亚东部海岸站稳了脚跟。
麦克阿瑟这一次迟了一步，当他派出的空军采取行动时，日军首批登陆部队已经全部上陆，轰炸机只击沉了一艘空的运兵船和一艘登陆舰，没能给日军登陆部队造成多大损失。
掘井支队在之后的几天陆续集结了1.3万人和1000多人的随军担架手，完成进攻前的准备。
7月23日，日军先头部队在暴雨中，沿着科科达小道开始翻越欧文斯坦尼山。日军士兵除了携带的武器，每个人还随身带着小铲和砍刀，他们钻进原始丛林中，用砍刀一点一点地砍出路来，逐渐向南面渗透。
盟军在科科达小道只有少量澳大利亚部队驻守，由澳籍军官威廉·欧文中校指挥。他手上只有几百名澳军官兵和几内亚当地民兵，根本无法抵挡住日军的推进。7月29日，他下令砍断库西马河上的铁索桥。
然而欧文并没有阻挡住敌人前进，日本人在库西马河上迅速搭建了一座新桥，然后越过这道天堑，出现在澳军的据点面前。至8月初，掘井支队的先头部队已经抵达欧文斯坦尼山最陡峭的部分，距离顶峰只剩下一步之遥，如果他们突破了这里，就可以看到莫尔兹比港了。
前线的战局引发了澳大利亚国内的担忧，媒体开始散播失败的言论。在澳军高层中，一些悲观论者得出结论：新几内亚将失守，日军很快会从海峡打到澳大利亚。于是重启“布里斯班计划”的声音再次响起。
麦克阿瑟此时手上没有多余的兵力，计划从本土调来的两个美军师还没有抵达，部署在几内亚的澳军部队大多集中在海岸线一带，防止日军经海路偷袭。
此时他只能寄希望于日军经过长途跋涉，会因后勤供应不上导致进攻力量迅速枯竭。万幸的是他的预判成为现实，掘井的先遣部队在丛林中耗尽了体力，然后在澳军的节节抵抗下，进攻陷入停顿。
8月25日，另一支1500人的日军部队突然在几内亚东端的米恩港登陆。麦克阿瑟立即派出空军拦截。在滩头，守军凭借优势兵力将日军赶下了大海。
8月29日，日军第二次在米恩港登陆，他们与守军在海滩上激战一个星期，最终丢下600多具尸体逃回了海上。
在此期间，艾奇尔伯格率领美军的两个师在几内亚登陆，麦克阿瑟终于等来了反攻的时刻。他命令布兰西指挥澳军第6和第7师从正面迎击掘井支队，命令艾奇尔伯格指挥美军第32和第41师沿着海岸线向右翼出击，直接奔向日军的侧后。
在另一处战场上，美日海军正在瓜岛海域对决。日军大本营逐渐意识到那里才是双方的决战场地。日军第17军司令百武晴吉接到大本营的指示后，也调整进攻方向，将准备进攻莫尔兹比港的部队抽走，然后送到瓜达尔卡纳尔岛上去。
最尴尬的是掘井富太郎指挥的部队，他们陷入在几内亚的丛林和高山中，前进的道路上有重兵拦截，侧翼则出现大批敌军。每次战斗都是在绝望中被迫选择撤退。11月19日，掘井的先遣支队在暴雨中率领部队向北撤退到戈纳。至此，日军被盟军围困在布纳——戈纳一线，仅能从海路得到己方的支援。
麦克阿瑟对前线的进展并不满意。当日军退守戈纳时，他从布里斯班乘飞机来到莫尔兹比港，与艾奇尔伯格、布兰西，以及空军司令肯尼举行会议。他告诉艾奇尔伯格：“我要让你到布纳当司令官，并授权你撤换那些不会打仗的军官。如果有必要，你可以让中士指挥一个营，让下士指挥一个连，总之只要能打仗谁都可以。”
临别时，他又对艾奇尔伯格说：“我要你夺取布纳，否则就别活着回来。”
麦克阿瑟的恩威并施并没有产生奇效，前线的战斗依旧胶着。在满是丛林和沼泽的战场上，战斗是依靠盟军攻下一个一个地堡，甚至是散兵坑来进行的。随着包围圈越来越小，日军开始把同伴的尸体当做建筑材料，堆放在工事外面。尸体散发的恶臭让日本人不得不戴上防毒面具作战。
1942年12月8日，前线给麦克阿瑟发去了捷报——澳军第7师终于南下了戈纳。
12月13日，美军在布纳也突破了日军防线。麦克阿瑟没能战斗结束，就迫不及待地给华盛顿发去了战报，宣布“巴布亚战役”已经胜利结束。
巴布亚战役盟军先后投入3.5万人，伤亡8000余人，其中阵亡超过3000人；日军累计投入1.7万人，伤亡1.2万人。
这场战役几乎跟瓜岛战役同步进行，两处战场相距也不远。从规模上看，巴布亚战役不及瓜岛战役；从意义上看，有人强调是巴布亚战役导致了日军在南太平洋战场的全面失败。
这样的评价太过夸张，不过有一点是确定的——自太平洋战争爆发以来，麦克阿瑟第一次在战场上击败了日军。战斗结束后，麦克阿瑟不禁感慨道：“在巴丹死去的冤魂今晚可以安息了。”
