南北朝（420-589年）是中国佛教全面持续发展的时代，大量的汉译佛典译出，诸多佛教派别纷纷兴起，此时的僧官制度也得到进一步的发展。首先是中央、地方和基层僧务机构的设立；其次中央僧务机构是中央的一个独立机构，隶属于皇帝个人，对皇帝负责。僧官的权力很大，可以独立行使一切僧务。从中央到地方基层形成了一个独立的组织严密的僧官系统。

南朝的僧官制基本上沿袭东晋，但根据南朝的政治特点和佛教发展的状况，还是有所发展和变化的。作为管理全国僧教事务的最高一级僧官，中央僧官在南朝时期沿袭了晋朝的体制，在中央构设了僧官衙署。

南朝沿袭晋代的僧官制度，在中央政府设僧司，即衙署，也称为僧局、僧省或僧署。当时宋、齐、梁、陈四代统管全国僧尼事务的中央僧署主官为僧正或僧主，常冠以“天下僧主”、“国之僧正”等美称。知名者如释僧瑾，在宋明帝朝任僧正，号天下僧主；还有释昙瑗，在陈宣帝朝任僧正，号国之僧正。僧主的职责，与东晋、北魏、姚秦时代相同，主要在统领僧众；教导佛经；举办斋蘸等仪式；主持佛教典籍的传译和抄录；参与筛选僧署的下属，简汰徒众等。

南朝时期，僧正并不是常设一人不变，不同时期僧官的首席职官都会有变化，虽名曰最高职官，但是由于全国性的僧团并没有建立，中央和地方的僧官权责还是有差异的，《续高僧传》中：“然以金陵都会朝宗所依。刹寺如林义筵如市。五部六郡果含苗杂。惟调水乳罕和盐梅。多没象泥终枯鸟树。乃镇之以清净。驭之以无为。篇禁不烦遮罚每省。故僧尼仰之自肃。道俗称之益敬。七众日用而不知。四远钦风而不足。故得法位久司疵谤无玷。屡陈表退去而复升。始终惟令于是乎在。”

在书中，陈文帝时期，释宝琼就任京都的最高僧官——大僧正，但是此一职位未免名不副实，因为其所掌管的范围仅仅是京都地区而已，但是对于地方性僧团，文中说其采取了近似“无为而治”的方式，实质上是权不能及而已，中央对于地方僧团的控制能力还远远没有达到俗官行政机构那样。而释宝琼也大多凭借个人德行，对全国的僧众进行教导，而非领导。在南朝宋明帝时，僧瑾曾任为大僧正，此时他“凡诸外镇，皆敕与，瑾辞。”从此处可以推知，作为僧正，对于全国性的佛教僧团掌控力度是逐渐加强的。

在副职方面，中央大僧正下面还设有都维那和悦众来协助大僧正处理日常事务，只是权责上的侧重不同；和大僧正总领全国僧众，主持法事和教导，参与下属职官的任选等职责不同，作为次级中央僧官，都维那和悦众的职责是协助大僧正对于僧众进行管理，方向上更偏向于维护僧官制度，督促僧制和戒律的施行，监督僧众的言行过失并予以惩治。

比如当僧璩之任此职时，“时有沙门僧定。自称得不还果。璩集僧详断令现神足。定云。恐犯戒故不现。璩案律文有四因缘得现神足。一断疑网。二破邪见。三除傲慢。四成功德。定既虚诳事暴即日明摈璩仍着诫众论以示来业。”有一个僧人宣称自己得到不还果，僧璩于是集众人议论评断，确定这个僧人违律，于是便“即日明摈”，并“著《诫众论》以示来业”。可见此一时期的僧官确实是职责分明并认真履行的。南朝的僧司虽然直属于皇帝，但是地位和待遇都是和正常的中央行政机构一致。

僧司通常备有定额的经费及人力，根据《梁高僧传》卷七中记载，皇帝下诏给僧瑾“法使一部，亲信二十人，月给三万，冬夏四时赐车舆、吏力。”在中央僧官机构中设有的这些杂吏，用以辅助中央僧官处理事务、或满足僧官日常生活所需等。梁朝初年，释慧超任僧正，“天子给传召羊车、局足、健步”。这些给予僧官的待遇完全不下于正常的中央行政机构，由此可见中央僧署的世俗化已经越来越强，这些“天子所赐”作为僧官行政发展之用，使僧署逐渐变得如政府衙门一样管制着僧团，也为僧团解决问题。

而且作为中央机构，僧署是直接由皇帝进行统辖，并不隶属于任何俗官机构，皇帝对其保护和发展，僧官也对皇帝负责，维护皇帝的地位和统治权，同时僧众的急速扩张，和僧官制度向中央偏倒，使得佛教在南朝的发展比较顺畅，也避免自身遭到统治者的疑忌。