经历了比较宽容的发展时期，北朝的佛教发展得非常昌盛，不管是僧侣人数和教团的规模都是比较宏大的。根据《魏书·释老志》记载：“略而记之，僧尼大众二百万矣，其寺三万有余”。这与北魏初期统治者痴爱佛教有很大关系。这时僧侣的总量远远高于南朝时期，庞大的教团也需要更加严密和系统的制度来维持和管理。这也形成了北魏的中央僧官制度的诸多不同之处。由北魏作为开端，佛教由此而盛，北朝的中央僧官制度大体也都沿革了北朝的设定。最先，北魏设置了监福曹作为最高僧署，继而改名成昭玄寺。《魏书·释老志》中：“先是，立监福曹，又改为昭玄，备有官属，以断僧务”。

可见北魏时期先设立了监福曹，其主官是道人统，像是法果，法达，师贤等人都曾任此职。后来孝文帝将之改名昭玄寺，其具体的职权和机构，官员配置都有了很大的变化。昭玄寺下面设有大沙门统、沙门统、都维那等职位。《隋书·百官志》中有载：“北齐置昭玄寺，掌诸佛教，置大统一人，统一人，都维那三人，亦置功曹主薄员，以掌诸州郡县沙门曹”。

得以知晓具体的人员额数是大沙门统一人，沙门统也是一人，都维那有三人。虽然北魏，北齐，北周等时期的中央僧官设置中，名称和人数都有所差异，但是整体僧官系统的设置并没有太大差异。其所有中央僧官都是经由皇帝来任命，过程近似于皇帝征召制度，遴选出德高望重且对僧团具有很大影响力的高僧，交由皇帝进行征召，相当于变相的任命，这也给了皇帝极大的宗教拥护度。

整个北朝时期，由于中央僧官机构的特殊地位，不管是次级僧官的任命，还是对于违律僧人的惩处，昭玄寺都是统统包揽，导致其与俗官系统完全脱节，并没有良好监察机构，僧署的廉洁与否完全看就职僧官僧人的个人操守，具有很大的不确定性，而且非常容易被外在环境所影响。

实际上，早在孝文帝后期，北魏的中央僧官就已经产生了诸多问题了。过大权力导致昭玄寺内部的腐坏，僧官的素质也不如往昔，行政机构所带来的弊病在僧署中也一样显现出来。及至北齐时期，政治败坏，社会不安，加速的佛教的腐败。这一时期，各级僧官为了谋得私人财利，大肆怂恿人民兴建寺院，并从中得利。另外在出家度僧上，逃避徭役，假募沙门的事情也频有发生。《魏书·释老志》中记载：“所在编民，相与入道，假慕沙门，实避调役，猥滥之极，自中国之有佛法，未之有也。略而计之，僧侣大众两百万矣，其寺三万有余”。

寺院成为了逃犯逃税的避难之所，其颓败可见一斑。再者，佛教教团内部产生了很大的阶级分化，就是占据统治地位的僧官阶层，还有处于底层的下层僧众之间产生了等级性的差异，僧官对于寺院中的奴婢和农奴肆意剥削和虐待，掀起了数次沙门起义。在北齐时期甚至产生了买卖僧官的事情。

据《北齐书·列传第一》：“自武成崩后，数出诣佛寺，又与沙门昙献通。布金钱于献席下，又挂宝装于献屋壁，武成平生之所御也。乃置百僧于内殿，托以听讲，日夜与昙献寝处。以献为昭玄统（即昭玄大统，最高僧官）。僧徒遥指太后以弄昙献，乃至谓为太上者。帝（高纬）闻太后不谨而未之信，后朝太后，见二少尼，悦而召之，乃男子也”。说的是胡太后在后宫安置百名僧人，假装听僧人讲经，实际上却是与昙献私通，而且任命昙献做昭玄寺的最高僧官。

可见当时中央僧官机构的败坏糜烂。北朝末期的僧官的诸般恶习的形成原因是多方面。一是当时政局混乱，统治者自身都比较腐败，依赖于皇权的佛教也不可能独善其身；而是僧官制度尽管在此时期已经比较完善了，但是它并不具有自我监察机制，对于教团的整顿也是越发无力，行政的制度化和佛教戒律的自治化形成了强烈的冲突。周武帝灭佛，并没有坑杀僧人，而是建立信道观，收纳有学识有德行的还俗高僧，也为隋朝佛教的复兴埋下了伏笔。